AEGEE naquit en 1985 à la première conférence EGEE, lorsque Franck Biancheri, aujourd'hui président du mouvement Newropeans, convoqua une assemblée d'étudiants européens provenant de Paris, Leyde, Londres, Madrid, Milan et Munich.
En 1986, AEGEE établit des groupes de travail : sponsoring, traineeships et language study, et organisa un congrès trans-frontières à Nimègue.
En 1987, EGEE-Europe réussit à persuader François Mitterrand de soutenir le programme Erasmus – un programme d'échange interuniversitaire européen financé par la Commission européenne.
"Nous sommes en contact avec plusieurs gouvernements pour essayer de faire comprendre qu'il y a une énorme demande : non pas dix pour cent, mais de vingt à trente pour cent [d'étudiants]. Et que le programme de bourses et d'échanges d'étudiants désireux de se perfectionner dans les universités des divers pays d'Europe n'est pas un gadget, mais une nécessité. Il faut que ceux qui ont maintenant vingt à vingt-cinq ans, et qui sont ceux qui vont faire l'Europe, acquièrent un sentiment européen dans leur formation. L'Europe de la technologie, de l'espace, de l'an 2000, c'est eux qui vont la mettre en place : avant qu'ils soient "aux affaires", "aux commandes", il convient qu'ils "sentent européens", qu'ils soient vraiment européens," explique à cette époque Franck Biancheri au journal belge Le Soir du 21 mars 1987.
En 1988, l'organisation changea son nom de EGEE à AEGEE.
En 1989, AEGEE fut parmi les premières organisations européennes à s'élargir au-délà du rideau de fer.
En 1995, l'organisation déplaça son quartier général à Bruxelles.
En 1998, AEGEE pour première fois visita Chypre ; AEGEE-Magusa joignit AEGEE en 2001 comme première antenne de cette île.
En 2001 et 2002, AEGEE organisa de grands projets s'occupant de paix et stabilité dans le sud-est de l'Europe et dans la region de la mer Méditerranée.
En 2003, AEGEE entreprit son premier voyage de cas d'étude dans le Caucase. Pendant la même année, AEGEE-Europe organisa une conférence dans la zone tampon à Nicosia (gr. Lefkosía, tr. Lefkoşa).