L'AFNEUS fédère les associations d’étudiants en sciences et techniques. A ce titre, son rôle est de permettre aux représentants de ses associations membres de se connaitre et de se rencontrer. La volonté fédératrice de l'AFNEUS se traduit par l'organisation chaque année de deux événements d'envergure : le Congrès National des Etudiants en Sciences et le Séminaire National des Elus Etudiants en Sciences. De plus, le conseil d'administration de l'AFNEUS, composé des représentants des associations membres, se réunit régulièrement pour fixer la politique de la structure.
Fédérer les associations d’étudiants en sciences répond de plus à une logique de structuration du mouvement associatif scientifique pour lui permettre d’assurer sa continuité en compensant les problèmes liés au renouvellement rapide des responsables.
L'AFNEUS suscite et organise la réflexion des étudiants en sciences. Ainsi depuis 1999, l'AFNEUS lutte contre la désaffection des études scientifiques en participant et en organisant des rencontres nationales pour échanger des réflexions sur le sujet. Cela donna lieu à l’édition d’un premier rapport en 2001, d'un second en 2005 et d'un troisième en 2009.
L'AFNEUS est aussi particulièrement attentive à l’application de l’harmonisation européenne des diplômes (réforme LMD) et son évolution. Elle est, dans ce cadre, porteuse d'un projet ambitieux sur l'avenir des licences en sciences et technologie.
L'AFNEUS a également présenté sa vision de l'enseignement supérieur scientifique et technologique français en juillet 2008 lors de son passage devant la commission Philip.
Des échanges réguliers ont également lieu avec l'association Promosciences, qui regroupe des enseignants-chercheurs de toute la France, afin de nourrir la réflexion des deux parties. Ces échanges ont donné lieu à l'occasion à des déclaration communes. L'actuel président de l'AFNEUS, Maxime Esbelin, fait également parti du conseil d'administration de Promosciences.
L'AFNEUS est également très attentive à l'insertion professionnelle des étudiants, et a travaillé lors d'un séminaire en octobre 2009 avec l'Association Nationale des Etudiants en STAPS (ANESTAPS) sur cette problématique.
Enfin depuis 2009 l'AFNEUS travaille à la valorisation de l'image et la place des femmes dans les filières scientifiques.
1992/1993
Président : Eric Gautier, Toulouse
Secrétaire Général : Olivier Raeis, Strasbourg
1993/1994
Président : Eric Gautier, Toulouse
Secrétaire Général : Bertrand Leroi, Tours
1995/1996
Président : Nicolas Husson, Orsay
Secrétaire Général : Francois Xavier Martin, Tours
1996/1997
Président : Emmanuelle Morlet, Clermont-Ferrand
Secrétaire Général : Pierre Jarousse, Clermont Ferrand
1997/1998
Président : Ludovic Darouy, Bordeaux
Secrétaire Générale : Corinne Wittmer, Strasbourg
1998/1999
Présidente : Floriane Franzin, Bordeaux
Secrétaire Général : Gilles Husson, Strasbourg
1999/2000
Président : Damien Derouet, Angers
Secrétaire Générale : Christelle Le Gallo, Brest
2000/2001
Présidente : Christelle Le Gallo, Brest
Secrétaire Générale : Virginie Paulus, Reims
2002/2003
Président : Miguel Bluteau, Angers
Secrétaire Générale : Aurore Massat, Toulouse
2003/2004
Président : Clément Renaut, Reims
Secrétaire Générale : Marie-Shamala Chantal, Nantes
2004/2005
Président : Clément Renaut, Reims
Secrétaire Général : Ludovic Sery, La Réunion
2005/2006
Président : Clément Renaut, Reims
Secrétaire Générale : Katell Troedec, Nantes
2006/2007
Président : Arnaud Tarry, Strasbourg
Secrétaire Général : Nicolas Daniel, Nancy
2007/2008
Président : Benjamin Oudin, Amiens
Secrétaire Générale : Charlotte Chauvineau, Rennes
2008/2009
Président : Nicolas Daniel, Nancy
Secrétaire Général : Damien Leprovost, Dijon
2009/2010
Président : Maxime Esbelin, Lille
Secrétaire Générale : Gaëlle Auguste, Poitiers