Bien avant que la construction de la cathédrale ait commencé, le site avait été le carrefour entre l'ancien centre de la ville, un marché et probablement aussi une chapelle. Toutefois, les cultes ont eu lieu au château de Bratislava, où le chapitre et le prévôt avaient leur siège.
Comme la sécurité du château était menacée, le roi Imre de Hongrie a demandé au pape Innocent II l'autorisation de déménager le bureau du prévôt ce qui fut fait en 1204. L'église a été déplacée en 1221, et a été construite dans le style Roman et sanctifié au Saint-Sauveur. Comme la ville se développait de plus en plus, surtout après qu'elle a reçu des privilèges en 1291, elle est devenue insuffisante pour les célébrations de la ville, et sur sa place (avec un vieux cimetière), la construction d'une nouvelle cathédrale gothique a commencé en 1311. La construction ne s'est terminée qu'en 1452 pour des raisons financières, et la construction a même été arrêtée en raison des guerres hussites. En 1452, l'église a été recouverte d'un toit et consacrée, toutefois, les travaux de construction ont continué tout au long de XVe et XVIe siècles:
Come la cathédrale a été construite sur un ancien cimetière, il existe de grandes catacombes jusqu'à 6 m en dessous de la chapelle St.Anne, qui contiennent les sépultures de nombreuses personnalités, telles que des dignitaires ecclésiastiques, les membres de la dynastie Pálffy, les présidents du comté historique de Pozsony ainsi que Jozef Ignác Bajza (l'auteur du premier roman slovaque). Son enterrement a eu lieu en 1895.
La tour est surmontée par la représentation en plaqué or de la couronne de saint-Étienne. Elle a été placée en 1847 après la restauration de la tour endommagée, pour commémorer la gloire de la cathédrale et son importance comme église du couronnement. Elle pèse 300 kg et mesure plus de 1 m de diamètre. Un total de 8 kg d'or a été nécessaire pour construire la couronne et l'oreiller.
Aujourd'hui, l'église est une lente détérioration, elle est menacée par les vibrations causées par le trafic des poids lourds sur la rampe d'accès au pont voisin, le Nový Most. Toutefois, les efforts de restauration ont commencé en 1997. La cathédrale a été classée patrimoine national depuis le 11 novembre 2002. Chaque année se tient une fête appelée « Korunovačné slavnosti » (Fêtes du Couronnement), tenue depuis 2003, qui reproduit les cérémonies d'un couronnement.