À travers les siècles, la cathédrale est toutefois davantage qu'un lieu de culte. Elle remplit notamment des fonctions civiles et accueille encore tous les quatre ans l'assermentation du Conseil d'État, du pouvoir judiciaire et des magistrats communaux. Mais la cathédrale est surtout l'illustration vivante de l'influence que Genève a eue sur le monde protestant comme lieu du refuge aussi bien que comme académie formant les pasteurs de toute l'Europe.
L'orgue de la cathédrale a été construit en 1965 par les facteurs Metzler & fils de Dietikon. Le buffet en a été conçu par l'architecte Poul-Gerhard Andersen de Copenhague.
La composition sonore de cet instrument s'inspire de l'orgue nord-allemand de la fin du XVIIe siècle, de style néo-baroque. Il comprend également quelques registres d'inspiration française (Cornet et Cromorne) et quelques jeux d'anches de l'époque romantique (1907).
En 1972, l'organiste Louis Thiry a enregistré sur cet instrument l'œuvre d'orgue d'Olivier Messiaen pour la maison d'édition Calliope. Cet enregistrement a été couronné par le grand prix du disque de l'Académie Charles-Cros en 1973 et demeure à l'heure actuel une référence pour l'interprétation du grand compositeur français du XXe siècle.
Depuis le 22 février 1536, la tradition veut qu'une cloche de la cathédrale, L'Accord, sonne pour appeler les députés en séance. Ainsi, l'article 11 alinéa 1 de la loi portant règlement du Grand Conseil indique qu'« une cloche de Saint-Pierre annonce la session deux heures avant son ouverture ». C'est pourquoi trente coups — un par minute — retentissent le premier jour de la session, entre 15h00 et 15h30.
157 marches mènent au sommet de la tour nord de la cathédrale et au panorama à 360 ° sur la ville et le lac Léman alors que la tour sud compte 150 marches.
Un site archéologique, installé dans le sous-sol à la suite des campagnes de fouilles, est ouvert en 1976 par l'archéologue cantonal Charles Bonnet. Plusieurs espaces ont été spécialement aménagés et présentent, avec des techniques muséographiques renouvelées en novembre 2006, l'un des plus vastes sites archéologique d'Europe, au nord des Alpes. Le parcours archéologique commence ainsi au IIIe siècle av. J.-C. et s'achève avec l'édification de l'actuelle cathédrale entreprise au XIIe siècle.
Au cœur de la cité de Genève, la cathédrale s'inscrit désormais dans un espace spirituel et culturel : outre la cathédrale, on trouve désormais à proximité le musée international de la Réforme situé au rez-de-chaussée de la maison Mallet construite à l'emplacement de l'ancien cloître de la cathédrale. Légèrement en retrait, l'Auditoire de Calvin, autrefois lieu d'enseignement du réformateur Jean Calvin, complète cet ensemble.
La Fondation de Saint-Pierre, présidée par Guillaume Fatio, joue un rôle essentiel dans la mise en valeur et la conservation du monument.
La cathédrale orientale et même l'archaïque rotonde trouvée sous les fondations de cette dernière ne sont pas, à cet endroit, les premiers monuments dédiés aux défunts. Au contraire, cet espace à une très longue histoire qui tient ses racines en l’an 100 av. J.-C., lorsqu’un chef allobroge, vraisemblablement idolâtré par le petit groupement qui ce tenait à cette époque sur la colline genevoise, est inhumé sous un tumulus préhistorique datant de 1150 av. J.-C..
Dès lors, une succession d’édifices et de bâtiments commémoratifs se dressent à cet endroit dominant le port et les environs. De sorte qu’au Ier siècle, un temple en bois est construit par-dessus la tombe du chef et l’on creuse un trou pour avoir accès à son crâne. Suivant l’incendie du quartier après l’urbanisation romaine, une terrasse commémorative s’édifie en souvenir d’un personnage extraordinaire à qui l’on rend un culte, comme à un héros. C’est le début du culte funéraire qui, sur ce site, traversera les âges. Enfin au IVe siècle, une église paraît sur l’emplacement sanctifié, toujours dévolue au culte du souvenir. C’est là la dernière trace d’un mausolée miniature — le groupe épiscopal étant bâti à cet endroit et tout le quartier rénové — avant la découverte d’une rotonde datant de ce siècle.
Les aménagements liturgiques de la cathédrale orientale ne sont ainsi qu’une addition à une longue histoire funéraire d’un lieu mythique. Le chœur de ces édifices garderont jusqu’à nos jours les restes légendaires de ce chef allobroge qui reposait sous le chœur de la cathédrale actuelle.