Le collège se compose d'une section Secondaire (de 12 à 18 ans) forte de 800 élèves (en 2009), et d'une école fondamentale de 400 élèves comprenant les sections Primaire et Maternelle. Les professeurs du Secondaire seront majoritairement jésuites jusqu'en 1966. Le dernier professeur de la Compagnie, le père Daniel Sonveaux, ex-titulaire d'une rhétorique, quittera le collège en 2000. Il devient Provincial en 2005.
SfXun organise chaque année un Gospel, spectacle à vocation religieuse rassemblant des professeurs et des élèves de toutes les classes. De même, les élèves des trois classes du cycle supérieur ont une retraite de 3 jours au début du second semestre. Le Centre Scolaire organise encore des activités d'importance comme le Projet Vélo (pour les troisièmes), le voyage à Londres (pour les quatrièmes), le voyage en France (pour les deuxièmes), les rencontres élèves-correspondants étrangers et la Saint-Nicolas dont la conception et la responsabilité reviennent aux rhétoriciens. En outre, chaque classe de rhéto (bien aidée par son titulaire) organise annuellement un voyage culturel à l'étranger. Pour les professeurs, l'Amicale SFX (voir le site référencé à l'onglet Anciens sur le site officiel du collège Saint-François-Xavier, voir liens externes ci-dessous), est une organisation très vivante et gratuite. Elle veille à développer la convivialité au sein de l'équipe professorale. Depuis quelques années, l'Amicale se charge d'organiser avec originalité les festivités déployées lors de la mise à la retraite des enseignants concernés, chaque fois surpris par la date et l'ampleur de cette célébration.