Le Cneser jouant un rôle consultatif est composé de 69 membres. Il est présidé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ou par la personne que le ministre désigne à cet effet.
Outre le ministre, le Cneser compte 68 conseillers. Il comprend 45 représentants des universités et établissements assimilés, dont :
Par ailleurs, 23 personnes, représentent les forces politiques, économiques, sociales et culturelles du pays. Ce groupe comprend un député, un sénateur et un membre du Conseil économique, social et environnemental. Il comprend également un représentant d'un établissement d'enseignement supérieur qui ne soit ni une université ni une école d'ingénieurs et un représentant des chefs d'établissement secondaire comportant des classes post-baccalauréat. Les 18 autres représentants des forces économiques et sociales sont désignés par les syndicats professionnels, à parité entre syndicats de salariés et organisations patronales.
Tous ces membres sont nommés pour 4 ans, à l'exception des étudiants qui sont désignés pour 2 ans.
Le Cneser se réunit au moins trois fois par an, dont une fois à l'automne pour examiner le projet de budget de l'enseignement supérieur.
Le ministre propose l'ordre du jour mais tout membre du conseil peut soumettre une question particulière qui est alors mise aux voix.
Le Cneser se prononce sur les orientations générales de l'enseignement supérieur et sur les diplômes, y compris le baccalauréat qui est considéré comme le premier diplôme d'enseignement supérieur.
Le Cneser est aussi consulté sur le cas de chacune des universités publiques françaises dans trois cas :
Les élus dans les conseils centraux des universités forment le corps électoral et éligible des représentants étudiants au Cneser.