Dominique Chaix n'a rien publié, seuls nous sont parvenus son herbier, des manuscrits et sa correspondance. Au grand dépit de Villars, qui se considérait comme l'héritier scientifique de Dominique Chaix, ses héritiers légaux monnayèrent son herbier et sa bibliothèque : à sa mort, l'abbé Chaix était en effet couvert de dettes !
Villars, qui dut payer pour récupérer même les livres qu'il avait prêtés à son ami, réussit à convaincre Philippe-Isidore Picot de Lapeyrouse, professeur d'histoire naturelle à l'École centrale de Toulouse, d'acquérir l'herbier, qui comportait quelque 3 000 planches. L'herbier Chaix fut donc expédié à Toulouse. A la mort de Lapeyrouse en 1818, l'herbier passa de mains en mains, pour finalement revenir, en très mauvais état, aux archives départementales de Gap.
L'herbier de Dominique Chaix est conservé au Conservatoire botanique national alpin de Gap-Charance ; quelques fragments se trouvent au Musée départemental de Gap, qui conserve surtout son surprenant « herbier d’oiseaux » composé de cinq volumes, montrant plusieurs présentations de l’animal, chacune dans une attitude différente, afin de permettre de l’étudier de façon approfondie.
A la mort de Chaix, Villars récupéra entre autres sa propre Histoire des plantes du Dauphiné, annotée par Chaix, ainsi qu'un manuscrit de 600 pages, daté de 1771, intitulé Dominici Chaix, Bauciensis parrochus, notae botanicae cum propriae, tum ex celeberrimis scriptoribus compendiosae excerptae, qu'il ne jugea pas utile de publier.
La collection de manuscrits de la Bibliothèque nationale et universitaire de Strasbourg comporte un dossier manuscrit de 220 feuillets de Dominique Chaix, qui contient notamment une poésie en latin du curé des Baux, sur la flore du Dauphiné, datée du 8 janvier 1779, ainsi que la transcription de travaux de plusieurs botanistes dont Linné, Tournefort, Crantz et Allioni.
Toutes les lettres de Dominique Chaix ont été soigneusement conservées par Villars, toujours très respectueux de son vieux maître, quoique l'élève, formé en médecine, sciences naturelles, latin et grec, n'ait pas tardé à supplanter le maître. Ces lettres appartiennent au patrimoine de la Bibliothèque municipale de Grenoble