Il existe plusieurs points de vue pour tenter d'expliquer l'apparition des troubles, où différentes causes (ou effets) sont identifiées en fonction des domaines de recherches :
Le rôle de la langue pratiquée est indéniable puisque qu'aucune dyslexie n'existe dans les langues dites transparentes [réf. souhaitée] où les formes écrites et sonores se recoupent exactement comme le croate, l'espagnol, l'espéranto, l'italien, le russe, le slovène ou le tchèque. Les langues par idéogrammes, comme le japonais et le chinois en comptent également bien moins (1% de la population).
À l'inverse, les langues dites opaques où les formes écrites et sonores ne se recoupent pas exactement comme l'anglais, l'allemand ou le français, sont révélatrices de troubles dyslexiques. Ils sont de l'ordre de 10% pour la France, 5% pour l'Allemagne et 20% pour l'Angleterre.
On lie donc la dyslexie à la différence qu'il peut y avoir entre la forme écrite (le graphème) et la forme sonore (le phonème).
D'un point de vue linguistique, le problème se situe dans la nécessité d'associer des signifiants distincts à un même signifié (d'associer des représentations écrites et verbales distinctes à une chose à exprimer unique).
De ce point de vue, la difficulté ne réside pas dans l'identification du signe, mais dans la nécessité d'intégrer une norme contenant des modes d'expressions potentiellement paradoxales.
Il a été parfois avancé que certaines méthodes pédagogiques pourraient être à l'origine du trouble, ou plutôt aujourd'hui qu'elles le mettraient en évidence. C'est une accusation qui a par exemple souvent été proférée à l'encontre de la « méthode globale » et de la méthode « semi-globale » qui auraient eu pour effet d'amplifier les difficultés d'apprentissage de la lecture et de l'écriture pour les dyslexiques.
Aucune étude n'a mis en évidence un lien de causalité entre la méthode pédagogique utilisée et des troubles liés à la dyslexie (et la méthode véritablement globale n'a en fait jamais été employée qu'à titre expérimental). Cependant certains instituteurs déclarent que la méthode globale provoquerait de « fausses dyslexies ». En France,la méthode globale est explicitement désapprouvée, au profit de la méthode syllabique depuis les programmes de 2002 de l'Éducation nationale.
Le fait que 70% des dyslexiques aient des antécédents familiaux, ainsi que le fait que la dyslexie touche majoritairement des garçons (trois fois plus que de filles), et le fait que la dyslexie se retrouve davantage chez les gauchers, peuvent laisser penser qu'il s'agirait d'une résultante génétique.
Plusieurs équipes scientifiques ont affirmé avoir découvert le gène de la dyslexie. Leurs résultats se contredisent puisqu'il s'agit de gènes différents (quatre en 2006), mais ils convergent puisque ces gènes sont tous impliqués dans un même mécanisme : la migration neuronale.
Un projet de recherche a été lancé en septembre 2006 pour trouver des réponses sur ce sujet. Les participants sont l'INSERM le CNRS et l'institut Pasteur. Nommé Genedys, il fait partie du projet à l'échelle européenne Neurodys.
Un lien avec la latéralisation cérébrale, a été mis en évidence grâce à l'électroencéphalogramme : dans une activité de langage, et par rapport à la norme, les dyslexiques ont de façon quasi systématique une activité réduite du lobe pariétal gauche et une activité plus importante du lobe droit.
Il existe aussi des dyslexies acquises (suite à un accident cérébral par exemple), appelées aussi alexies, qui ont été utilisées dans les travaux de Carl Wernicke et de Paul Broca au début du XXe siècle dans l'étude du rôle de chaque hémisphère cérébral. Études affinées par Roger Wolcott Sperry, prix Nobel pour ces travaux sur l'asymétrie cérébrale, qui affine le principe et oppose :
Sans que cela permette de dire si le trouble est d'origine neurologique, l'effet neuronal de la dyslexie est clairement affirmé par les spécialistes.
Une autre étude de scientifiques américains prouve non seulement le lien neuronal, mais que les méthodes de travail comportementales (comme l'orthophonie, la méthode FastForWord et la sémiophonie) ont des effets visibles sur les problèmes de connexion neuronale des enfants. Une étude d'un neurologue marseillais, le docteur Habib, confirme le lien, en observant une concordance entre neurones surnuméraires et dyslexie. Le dyslexique aurait un excès de neurones qui constitueraient des bosses de matière grise (ectopies corticales) ralentissant la connexion entre les deux hémisphères du cerveau.
On peut noter que les chercheurs en sciences cognitives tentent souvent d'associer la dyslexie aux perturbations dans les domaines suivants :
Le laboratoire de psychologie et neurocognition propose en 2007 d'explorer en parallèle de la piste phonologique une « hypothèse complémentaire selon laquelle un bon nombre des dyslexies seraient dues à des troubles d'ordre visuel. » L'hypothèse émise est que les personnes qui seraient touchées par cette forme de dyslexie n'auraient pas la faculté d'identifier simultanément le même nombre de lettres que les personnes non atteintes.
La psychanalyse (et certaines psychologies cliniques qui s'en inspirent) proposent d'autres voies de compréhension liées à l'affect. Françoise Dolto rapporte un exemple de dyslexie acquise collective lors de l'évacuation des jeunes parisiens, loin de la capitale, avec leurs institutrices. L'explication proposée plus tard par Guy Rosolato ou Gérard Haddad sera une difficulté dans la structuration psychique et en particulier dans les images d'identification parentales. Celle-ci exprimerait un dysfonctionnement entre identité sexuelle, organisation de la personnalité et signifiants symboliques..
Selon cette approche, le symbole demanderait, pour être facilement assimilé, d'avoir une construction psychologique proche de celle qui l'a engendré. Il serait lié à une représentation subjective du monde en général, et donc du schéma familial constitutif en particulier.
C'est une expression subjective de Ronald Dell Davis, auteur d'une méthode de correction de la dyslexie. Il explique la dyslexie par la désorientation que créent les symboles (mots) dépourvus de représentation mentale (voir pensée visuelle). Ces périodes de désorientation sont caractérisées par une impression « d'avoir le mal de mer » (impression de bouger). La personne peut, à la limite, avoir des nausées ce qui va l'inciter à bouger (se lever, taper du pied, etc.) pour « contrer » l'effet désagréable. Cette problématique aurait pour cause une méthode de résolution de problème qui consisterait en : « Essayer de regarder » ce qui cause problème (en l'occurrence le mot) sous tous ses angles. Cette technique fonctionne très bien avec les objets mais s'avère inefficace avec les symboles. Ce qui altère les repères du rapport à soi, à l'autre, au temps et à l'espace. La dyslexie en serait un effet, au même titre que l'hyperactivité et les autres « dys- » (dysgraphie, dyscalculie, etc.).