Les disciples de Charcot disent avoir dépouillé le magnétisme animal de son aura de mystère, des chimères inventées par les magnétiseurs, pour le réduire à ce qu'il est vraiment : un phénomène nerveux, une « maladie du sommeil ». Ils reconnaissent dans Braid le père fondateur de l'hypnotisme scientifique, considérant que sa rupture avec le fluide et la phénoménologie fantastique des magnétiseurs constitue une véritable coupure épistémologique. Ainsi, Cullerre déclare que l'œuvre de Braid « devait compléter la défaite du magnétisme animal et faire entrer l'étude des phénomènes magnétiques d'une authenticité reconnue dans une voie décidément scientifique ». Ferdinand Bottey déclare quant à lui que la magnétisme animal « a cessé d'exister depuis que Braid, en 1843, a porté au mesmérisme et au fluidisme le coup décisif qui les a à jamais tués ».
À propos de cette prétendue « coupure épistémologique », le magnétiseur public Alfred D'Hont ironise: « Beaucoup de découvertes ou d'innovations prétendues consistent tout uniment dans l'emploi d'une étiquette inédite (...). Grâce à Braid et à sa nouvelle méthode expérimentale, grâce surtout au nouveau mot qu'il jeta comme de la poudre aux yeux des savants officiels, ceux-ci accueillirent favorablement des faits qu'ils avaient autrefois repoussés sous le nom de magnétisme et de somnambulisme ». Les magnétiseurs reçoivent en outre le soutien du philosophe belge Joseph Delbœuf qui affirme que les hypnotiseurs leur doivent tout ce qu'ils savent.
Pour les hypnotistes, le conflit qui oppose les magnétistes à l'institution médicale met face à face les lumières de la raison et les ténèbres de l'occultisme, alors que les magnétiseurs considèrent que ce sont deux conceptions différentes de la raison qui s'opposent. À leurs yeux, la raison n'a pas le droit d'exclure des faits au nom d'une idée prédéterminée du possible et de l'impossible. Pour leurs adversaires, en revanche, certains phénomènes magnétiques contredisent l'ordre de la nature et on perd donc son temps à les étudier.
Les hypnotistes prétendent, grâce à des expériences menées selon de stricts protocoles en milieux hospitalier, avoir dégagé le « noyau rationnel » de l'ancien magnétisme des concrétions fantastiques dont leurs prédécesseurs l'avaient recouvert. « Le terme « hypnotisme », remplaçant celui de magnétisme, signale donc une purification, ou une prise en main enfin scientifique, mais le « phénomène » est, quant à lui, censé rester le même, ce qui en a été éliminé n'étant que croyances parasites ». Dans son Histoire de l'hypnotisme expérimental, Edgar Bérillon déclare: « Comme toutes les sciences, avant d'entrer dans la voie scientifique, l'hypnotisme a traversé une période d'empirisme. Si la chimie et l'astronomie ont eu pour devancières l'alchimie et l'astrologie, l'hypnotisme a eu comme précurseur le magnétisme animal ». Alfred Binet et Charles Féré opposent quant à eux « l'histoire merveilleuse du magnétisme animal... aux faits positifs de l'hypnotisme ». Les tenants de l'hypnotisme stigmatisent les magnétiseurs pour leur goût immodéré pour le surnaturel, leur absence de méthode, leur précipitation et leur naïveté. En montrant le caractère préscientifique des travaux des magnétiseurs, ils font ressortir, par contraste, le sérieux et la solidité de la nouvelle hypnologie.
De leur côté, les héritiers de Mesmer et Puységur accusent Charcot et ses disciples de sélectionner dans la phénoménologie du « somnambulisme magnétique » ce qui correspond à leurs présupposés idéologiques, laissant de côté les dimensions de l'esprit humain que le scientisme et le positivisme dominants sont incapables d'intégrer. Parmi ces dimensions, on trouve notamment les phénomènes de « lucidité magnétique » qui désignent la capacité manifestée par certains somnambules, à certains moments privilégiés, de recevoir de l'information en paraissant s'affranchir de tous les canaux sensoriels connus. Pour eux, le prétendu « noyau rationnel » dégagé par les hypnotistes n'est qu'un résidu appauvri, pathologisé, obtenu par des pratiques brutales et primitives, et notamment par un usage irresponsable des suggestions. L'enjeu du débat est de savoir si, en état somnambulique (ou hypnotique), les sujets sont plongés dans un état d'automatisme et de conscience amoindrie ou bien si, au contraire, comme l'ont toujours prétendu les magnétiseurs, ils accèdent à des facultés nouvelles et à une présence au monde plus intense.
Lors du Premier congrès international de l'hypnotisme de 1889, Charcot et le neurologue genevois Paul-Louis Ladame, entre autres, obtiennent par un vote l'interdiction de l'usage du magnétisme en arguant que les pratiques des magnétiseurs conduisent à des effets très dangereux pour la santé et l'ordre public. Cette même année, Gilles de la Tourette souhaite que l'on prenne des dispositions légales pour assimiler le magnétisme sous toutes ses formes à de l'escroquerie. Les pratiques des magnétiseurs tomberaient sous le coup de la loi de Ventôse, An XI, article 35 en tant qu'exercice illégal de la médecine.
La polémique entre Ladame et Delbœuf illustre bien le débat. Pour le premier, on devrait faire interdire les séances publiques des magnétiseurs par des mesures de police, réglementer la pratique de l'hypnose en la restreignant aux seuls médecins et rendre obligatoire l'enseignement de l'hypnotisme dans les facultés de psychiatrie. Delbœuf quant-à-lui déclare que sous couvert de l'éthique, les médecins qui suivent Ladame cherchent en fait à monopoliser la pratique de l'hypnotisme, source substantielle de revenus et de pouvoir et que la mise en avant des dangers de l'hypnotisme est dictée par un présupposé théorique erroné.
Du 21 au 26 octobre 1889, se tient le Congrès international sur le magnétisme, au cours duquel les travaux de Charcot font l'objet de commentaires acerbes. Les magnétiseurs reprochent également aux aliénistes leur manque de respect pour leurs malades. Ainsi, le magnétiseur tardif Auguste Leroux stigmatise « les faiseurs d'expériences (...) qui ont transformé les hôpitaux en laboratoires et réduit les malades à la condition des chiens, des lapins et des cochons d'Inde ». Pour Leroux, les pratiques des médecins sont bien plus nocives que celles des magnétiseurs, et cela à cause de l'extrême dépendance dans laquelle les malades se trouvent vis-à-vis des médecins qui détiennent de l'Institution un pouvoir quasi discrétionnaire.