Après la mort de Charcot en 1893, Joseph Babinski remplace la conception de l'hystérie héritée de son maître par celle de pithiatisme (du grec πειθώ, peitho, « persuasion » et ιατος, iatos, « guérissable ») pour désigner « l'état pathologique se manifestant par des troubles qu'il est possible de reproduire par suggestion, chez certains sujets, avec une exactitude parfaite, et qui sont susceptibles de disparaître sous l'influence de la persuasion (contre-suggestion) seule ». De ce fait il exclut l'hystérie du champ scientifique de la neurologie. Même s'il ne l'admet pas ouvertement, celui qui avait été le disciple fidèle de Charcot, se rapproche des positions de Bernheim et va même jusqu'à faire la démonstration que les crises d'hystéries et les fameux « stigmates » qui les accompagnent peuvent être provoqués par la suggestion.
Bernheim continue cependant à mettre en avant les différences qui l'opposent à Babinski en soulignant que ce dernier ne reconnait le pouvoir de la suggestion que pour le pithiatisme alors que Bernheim lui reconnait le pouvoir d'agir sur des fonctions physiologiques ne relevant pas du système volontaire. En 1903, Bernheim affirme que l'on ne peut pas distinguer l'hypnose de la suggestibilité et déclare « la suggestion est née de l'ancien hypnotisme comme la chimie est née de l'alchimie ». Il abandonne progressivement l'hypnose, soutenant que ses effets peuvent tout aussi bien être obtenus à l'état de veille par la suggestion, selon une méthode qu'il désigne du nom de psychothérapie. Dans son dernier livre, publié en 1917, il nie l'existence d'un « état hypnotique » et affirme que les différents phénomènes hypnotiques peuvent être provoqués chez des individus suggestibles par suggestions verbales à l'état de veille. Il déclare : « Il n'y a pas d'hypnotisme, il n'y a que de la suggestibilité ».
Les travaux de Bernheim et Babinski convergent en ce qu'ils font disparaitre la spécificité de l'hypnose : pour le premier en l'assimilant purement et simplement à la suggestion et pour le second en procédant à son fameux « démembrement » de l'hystérie.
La pratique de l'hypnose est en outre frappée d'interdit par Wilhelm Wundt, le père fondateur de la psychologie expérimentale, qui considère qu'hypnotisme et occultisme sont étroitement liés et qui affirme que « les suites fâcheuses que laisse après elle l'habitude de l'hypnose [...] se manifestent dans l'amoindrissement de la résistance nerveuse et morale ».
En 1882, Pierre Janet consacre son agrégation de philosophie au thème de L'automatisme psychologique. Il y déclare que « les somnambules peuvent [...] prendre tous les caractères psychologiques possibles, pourvu que ce ne soient pas exactement ceux de leur état normal » et que « le somnambulisme est une existence seconde qui n'a pas d'autres caractères que d'être seconde ». À partir de 1883, alors professeur de philosophie au Havre, Janet s'occupe bénévolement des malades psychiatriques du docteur Gibert. C'est à cette époque qu'il réalise avec son frère, Jules Janet, des expériences sur la malade Léonie Leboulanger. En 1885 et 1886, ces expériences sont présentées à la Société de Psychologie Physiologique, présidée par Charcot, par l'oncle de Janet, le philosophe Paul Janet. En 1890, Charcot confie à Pierre Janet la direction du laboratoire de psychologie expérimentale de la Salpêtrière, et en 1893, Janet écrit sa thèse de médecine, Contribution à l'étude des accidents mentaux chez les hystériques.
Après la mort de Charcot, Janet est l'un des seuls à continuer à s'intéresser à l'hypnose, estimant que le désintérêt pour ce phénomène n'est qu'« un accident momentané dans l'histoire de la psychothérapie ». Cependant, il finit lui aussi par abandonner ses travaux sur l'hystérie et le somnambulisme en 1910.
Janet fait remarquer que les descriptions de l'hystérie et de l'hypnose faites par Charcot reposaient sur un nombre très restreint de malades. Selon lui, Charcot n'a jamais hypnotisé personne. Ce sont ses disciples qui ont sélectionné et préparé pour le maître un petit groupe de malades intéressantes (pas plus d'une douzaine) en se faisant aider par des magnétiseurs. En outre, il souligne que les trois stades de l'hypnotisme de Charcot étaient en réalité le résultat d'un entraînement subi par les malades et que, comme l'histoire du magnétisme animal était tombée dans l'oubli, Charcot croyait que tout ce qu'il avait observé chez ses hypnotisés étaient des découvertes nouvelles, alors que la plupart étaient connues depuis la fin du XVIIIe siècle. Ainsi, par exemple, les phénomènes d'amnésie post-hypnotique avaient déjà été observés par Puységur avant la Révolution française. À propos des magnétiseurs, Janet va même jusqu'à écrire: « Nous avons la conviction, que nous n'espérons pas faire partager, qu'il y avait parmi eux de véritables savants d'autant plus dévoués à leur science, qu'ils ne pouvaient obtenir d'elle ni gloire ni avantages d'aucune sorte. Ils ont consacré leur vie à des travaux que nous pouvons à peine soupçonner, à des phénomènes extrêmement longs et délicats dont le petit hypnotisme d'aujourd'hui ne donne aucune idée ».
Sigmund Freud, financé par une bourse de voyage de la faculté de médecine de Vienne, passe quatre mois à la Salpêtrière du 20 octobre 1885 au 23 février 1886. Il assiste aux expériences de Charcot sur les paralysies hystériques et est impressionné par l'idée qu'une représentation inconsciente puisse être la cause de troubles moteurs. De retour à Vienne, il fait une conférence sur l'hystérie masculine qui provoque des réactions perplexes de la part de ses collègues médecins. On sait notamment que le neurologue allemand Carl Westphal avait exprimé sa profonde inquiétude sur la tournure que prenaient les travaux de Charcot sur l'hystérie.
En décembre 1887, Freud annonce à Wilhelm Fliess qu'il s'est plongé dans l'hypnotisme et qu'il a déjà obtenu « toutes sortes de succès petits mais surprenants » et en 1888 il publie la traduction du livre de Bernheim De la suggestion et de ses applications thérapeutiques. Dans sa préface à cette traduction, il définit la suggestion comme « une représentation consciente introduite dans le cerveau de l'hypnotisé par une influence extérieure et qui a été acceptée par lui comme s'il s'agissait d'une représentation surgie spontanément ».
En 1889, il rend visite à Bernheim et Liébeault à Nancy en compagnie de sa patiente Anna von Lieben. Cette même année, il décide d'appliquer la méthode de Janet sur la désuggestion des souvenirs traumatiques des patients sous hypnose, elle-même fondée sur la théorie traumatico-dissociative de Charcot. En mai 1889 il entame le traitement d'Emmy von M et passe pour la première fois à la méthode cathartique de Breuer, dans laquelle l'hypnose n'est plus employée à des fin de suggestion directe, comme un instrument permettant d'imprimer une représentation dans le cerveau du patient, mais où le patient peut, grâce à l'hypnose, se souvenir du trauma passé et le revivre affectivement. Freud souligne que « la remémoration dénuée d'affect est presque toujours sans effet ; le processus psychique qui avait surgi originellement doit être répété de manière aussi vivante que possible ».
Dans la querelle entre la Salpêtrière et Nancy au sujet du caractère suggéré ou non de la « grande hystérie », Freud prend position en faveur de Charcot. Ainsi, en 1921, il fait part de sa « révolte contre le fait que la suggestion, qui expliquerait tout, devrait elle-même être dispensée d'explication ». Cependant, dans une lettre à Roback en 1930, il admet avoir toujours oscillé entre les conceptions des deux écoles: « En ce qui concerne l'hypnotisme, j'ai pris parti contre Charcot et je n'ai pas été non plus entièrement d'accord avec Bernheim ».
Dès l'automne 1892, Freud délaisse progressivement l'hypnose proprement dite au profit de la « Druckprozedur », technique hypnotique indirecte héritée de Bernheim et Heidenhain, qui consiste à presser sur le front des patients et à leur demander d'évoquer une idée ou une image. En 1893, Freud célèbre Charcot pour avoir fait de l'hystérie et de l'hypnose des phénomènes « objectifs » qu'il est rationnel et respectable d'étudier. Au début de l'année 1895, Freud cesse d'avoir recours à l'hypnose. En 1917, il déclare que « la psychanalyse proprement dite ne date que du jour ou on a renoncé à avoir recours à l'hypnose ».
Les théoriciens de l'hypnose dénoncent aujourd'hui unanimement la rigidité du moule théorique, propre au scientisme de la fin du XIXe siècle, proposé par Charcot pour décrire les phénomènes hypnotiques. Ils montrent la complexité, le caractère mouvant de ces phénomènes. Ils confirment en cela les observations de magnétiseurs tels Bertrand ou Deleuze qui ont eu très tôt conscience du caractère protéiforme des faits hypnotiques. C'est précisément parce qu'ils ont dépassé l'empirisme « vulgaire » des magnétiseurs et qu'ils font de la science que les hypnotistes se sont fait piéger. Ainsi, Bertrand Méheust, historien du magnétisme et de l'hypnotisme, considère que « Le présupposé de base du scientisme, selon lequel il faut violenter la nature pour lui arracher ses secrets, est certainement efficace lorsqu'il s'agit d'étudier le monde inanimé, mais il devient inopérant dès que l'on prend pour objet d'étude l'interaction entre des êtres sentants, pensants et aimants. Pire, il conduit l'hypnotisme à un désastre épistémologique » car les hypnotistes tombent dans le piège de la suggestion, « qu'ils croient connaître et maîtriser, mais dont ils ignorent les formes les plus subtiles ». L'historien Henri Ellenberger a souligné l'« extraordinaire imprudence » de Charcot qui allait jusqu'à discuter les cas en présence des malades eux-mêmes et a insisté sur l'atmosphère de suggestion réciproque qui régnait dans le service de neurologie. Selon l'historienne Jacqueline Carroy, l'hystérie de Charcot relève essentiellement d'une « hystérie de culture ».