La principale menace pesant sur ces écosystèmes est la déforestation ; plus que l'exploitation forestière proprement dite, c'est le changement d'occupation du sol qui est problématique : conversion en plantation (palmier à huile, eucalyptus, pins), agriculture (soja, canne à sucre) ou urbanisation. Selon la FAO, la déforestation concerne chaque année plus de 13 millions d'hectares. Toutes les forêts équatoriales du globe sont concernées.
Il semblerait que, globalement, les forêts tropicales stockent (légèrement) plus de carbone qu'elles n'en rejettent et participeraient de ce fait à la réduction des gaz à effet de serre. Dans la pratique, la baisse des surfaces (souvent par brûlis) oblitère un peu ce bilan. Cependant, il y a des tentatives intéressantes de plantations à grande échelle de forêts destinées à être des puits de carbone (en gardant en mémoire la pauvreté écologique de ce type de milieu).
La forêt assure la préservation de la biodiversité, joue un rôle important dans le cycle de l'eau. Elle permet aussi une exploitation forestière pour les besoins de l'homme.
La pharmacopée utilise des molécules issues de la forêt.