Les eaux apportées tant par le Khach que par l' Helmand sont douces et d'assez bonne qualité. Cela est dû à la très modeste industrialisation de leur bassin et au faible emploi de pesticides et autres engrais chimiques sur les terres irriguées en amont. L' Hamoun-e Puzak est surtout menacé par les digues et projets d'irrigation des cours d'eau qui l'alimentent, essentiellement dans le bassin de l' Helmand.
Suite à la construction du barrage de Kajakai sur l' Helmand dans les années 1970, et du détournement subséquent de grandes quantités d'eau pour étendre les surfaces irriguées, le débit amené par la rivière est devenu moins abondant.
Les développements récents du côté iranien pourraient affecter gravement les terres humides de l' Hamoun-e Puzak. Des projets incluent la construction de plusieurs grands canaux d'irrigation prenant l'eau directement dans l' Helmand, ainsi que la construction d'un grand réservoir dans le désert à l'est de Zabol (le Chah-Nimeh), alimenté par un canal puisant directement dans la branche Parian de l' Helmand.
Des parties de zone humide ont été endommagées par la coupe abusive de roseaux, par des brûlis, par la coupe de bois et la surpâture. De larges portions de champs de roseaux sont régulièrement brûlées pour agrandir les pâturages destinées au bétail.
La vie sauvage est également largement perturbée et agressée par la pêche et la chasse. Dans les années 1970, le massacre d' oiseaux au moyen d'armes à feu ou de filets était largement répandu. Les spécialistes pensent cependant que si les oiseaux pouvaient être chassés uniquement pour les besoins de consommation de la population locale, la chasse pourrait être soutenable.
Le lac est extrêmement important pour le passage et l'hivernage de la faune aviaire aquatique migratrice, et également, durant les années de haut niveau de l'eau, pour la nidification et la reproduction d'une série d'espèces d'oiseaux
Quelques 369.000 oiseaux aquatiques furent recensés lors d'une surveillance aérienne de la portion afghane de l' Hamoun-e Puzak en janvier 1976. Après cette date, on n'a plus guère effectué ce genre de relevés, suite aux guerres qui n'ont cessé de ravager le pays. Voici leur répartition :
Un comptage antérieur effectué au sol en février 1971 dans une partie de la zone humide, faisait état de 87 flamants roses (Koning & Dijksen, 1971).
Oiseaux de proie hivernants : le balbuzard pêcheur, le pygargue à queue blanche (maximum 11), le busard des roseaux (maximum 150), le busard Saint-Martin, le busard pâle, le vautour moine, l' aigle criard et l' aigle impérial (maximum 7).
Aucun recensement n'a jusqu'ici été entrepris durant les saisons de migration, mais il est certain que l' Hamoun-e Puzak est utilisé comme relais par un grand nombre d'oiseaux migrateurs, spécialement au printemps lorsque le niveau des eaux est au plus haut.