L'archipel des Australes ne se serait peuplé que relativement tard en comparant aux autres archipels de Polynésie. Ce n'est vraisemblablement qu'au XIe siècle voire au XIVe siècle que les îles auraient accueilli leurs premiers habitants très certainement originaires de Tahiti peuplé bien avant. Il n'y a jamais cependant eu de véritable fouille archéologique qui ait été entreprise sur ce sujet.
C'est James Cook qui sera le premier européen à découvrir une des îles Australes. Il découvre en effet Rurutu le 13 août 1769, qu'il appelle alors Oteroah. Il tente d'accoster en envoyant une baleinière qui ne peut cependant pas accoster à cause de l'hostilité des habitants. Le naturaliste à bord du bateau note la qualité des embarcations et des armes utilisées par les insulaires.
Ce même navigateur découvre lors de son troisième et dernier voyage l'île de Tubuai le 8 août 1777. Il n'accoste pas mais les insulaires viennent à sa rencontre. Il remarque alors des similitudes dans le langage avec le tahitien. Il note par ailleurs l'avantage que présente l'île pour des navires de passage en voyant une végétation dense mais précise toutefois qu'une large barrière de corail la rend inapte au mouillage. C'est cette caractéristique qui motivera le choix des mutins de la HMS Bounty de s'y réfugier.
Raivavae fut découverte avant Tubuai, en 1775, par le navigateur espagnol Thomas Gayangos mais reste très à l'écart des routes maritimes et reçoit très peu de navires.
Rapa fut découverte par George Vancouver le 22 décembre 1791, l'île est alors appelée Oparo.
Rimatara fut découverte tardivement en 1811 par le pasteur Henry, capitaine d'une goélette venant de Tahiti.
Les îles Maria furent découvertes en 1824 par la baleinière américaine Maria commandée par George Washington Gardner. Un autre navigateur, Jacques-Antoine Moerenhout, ignorant la découverte de ces îles, la revendiqua en 1829 en leur donnant son nom.
Marotiri fut découvert par George Bass, d'où l'appellation d'îlots de Bass, vraisemblablement en 1800.
Quatre îles possèdent un aéroport et sont desservies de manière régulière par avion : Rimatara (depuis 2006), Tubuai, Raivavae et Rurutu.
Tubuai et Raivavae ont une faible activité touristique. Rurutu est surtout fréquentée par des touristes durant la période de présence des baleines (de septembre à novembre) qui viennent mettre bas dans ses eaux.
L'activité la plus importante, en plus de la pêche, de l'artisanat (notamment la vannerie), de la culture vivrière et de l'élevage est le maraîchage, facilité par un climat plus frais qu'à Tahiti vers laquelle est exportée une part importante de cette production maraîchère.