La rivière draine un bassin hydrographique de 15 200 km², et alimente la Baie de Merrymeeting avec un débit de 258 m3/s. Le gouvernement américain exploite trois stations de jaugeage le long de la Kennebec river :
Il y a deux autres stations de jaugeage à Augusta (Maine) (Gardiner (Maine) ( ), où le débit est très affecté par le mascaret.
) et àAvant les aménagements hydroélectriques, la Kennebec était navigable jusqu’à Augusta : ainsi en 1813 le fondateur du lycée de Colby College avait pu remonter la rivière avec son sloop, le Hero, jusqu’à Augusta avant d'embarquer sur un vapeur qui l'emmena à Waterville, où se trouve le lycée.
Le 1er avril 1987, une crue liée à la fonte des neiges conjuguée à des précipitations de 150 mm de pluie a provoquée la sumersion des berges ; le lendemain, la cote atteignait 10,40 m au-dessus du niveau interannuel moyen, inondant 2100 maisons, en détruisant 215 et en endommageant 240 autres. Cette inondation se traduisit par 100 millions de $ de dégâts (soit 171 millions en dollars au cours de 2008). Les marques de ce sinistre sont toujours visibles dans les villes qui bordent la rivière.
Avant le développement des arsenaux de Bath, les colons tiraient parti de l'abondance des poissons migrateurs, en particulier le saumon atlantique. L’exploitation de l’énergie hydroélectrique a provoqué l'effondrement des populations halieutiques, mais la démolition des barrages de la Kennebec a provoqué ces dernières années de houleux débats dans l'Etat du Maine. Il reste que depuis la démolition du barrage d'Edwards Dam en 1999, les populations de migrateurs ont sensiblement augmenté.