Le risque est cardiaque avec myocardite, péricardite et atteintes des artères coronaires pouvant entraîner un infarctus, une insuffisance cardiaque aiguë et des troubles du rythme.
Une dilatation des artères coronaires peut être objectivée dans un peu moins de la moitié des cas dès la seconde semaine de la maladie. Dans les quatre cinquièmes des cas, cette dilatation régresse mais des anévrysmes peuvent apparaître dans le dernier cinquième. Dans ces cas, La cicatrisation se fait vers la constitution d'une fibrose de l'artère avec constitution de rétrécissments de cette dernière (sténose) se manifestant par un défaut d'apport d'oxygène au muscle cardiaque (ischémie), pouvant se compliquer d'angine de poitrine ou d'infarctus du myocarde. Ces complications surviennent, le plus souvent, moins d'un an après le début de la maladie.
D'autres artères peuvent avoir la même évolution de manière plus rare.
A long terme, le risque d'infarctus du myocarde persiste, même s'il est moindre.
S'il est confirmé que ces bactéries sont bien responsables de la maladie (et non des hôtes opportunistes qui en profiteraient), il devrait être bientôt possible ;
Il existe des recommandations publiées par l'American Heart Association en 2004, portant sur le diagnostic, la prise en charge et le traitement de la maladie de Kawasaki.