La Belgique est composée d'un niveau fédéral, de trois Communautés (Flamande, Française, Germanophone) et de trois Régions (Flamande, Wallonne, Bruxelloise), chacun ayant des compétences propres, non hiérarchisées les unes aux autres.
La santé au travail se trouve imbriquée dans ce lacis de compétence :
Il existe deux sortes de services médicaux.
Soit les départements de médecine du travail font partie du SIPP (Service interne de Prévention et de Protection au travail). Ce sont des services d'entreprises. Cependant peu d'entreprises ont choisi ce mode de fonctionnement; il va de soi que ce sont des entreprises de taille suffisante qui ont opté pour cette structure.
Le département se trouvent au sein d'un Service (le SIPP) dont la responsabilité est confiée au "chef de sécurité" de l'entreprise. Dans la pratique, l'articulation entre le département sécurité au travail et le département médecine du travail est uniquement administrative, les règles d'indépendance technique et morale et de confidentialité lié à la pratique médicale ne permettent pas la fusion des départements.
Il n'empêche que cette médecine du travail porte généralement les caractéristiques d'une grande proximité avec les travailleurs, de relations importantes avec les représentants des travailleurs au sein de l'entreprise, d'une articulation forte avec la ligne hiérarchique, et dans le domaine de l'analyse et la gestion des risques, d'une bonne collaboration au sein du SIPP.
Les services de médecine du travail internes doivent recevoir un agrément communautaire pour pouvoir fonctionner. Pour la Communauté française, il s'agit de la "Commission d'agrément de services médicaux du travail". Les SIPP en tant que tels ne reçoivent pas d'agrément.
Notons que chaque entreprise devra néanmoins s'affilier à un SEPP, pour tous ce qu'il ne réalise pas et notamment pour le domaine du harcèlement au travail, où c'est un psychologue-conseiller en prévention qui est chargé de la procédure officielle laquelle est obligatoirement réalisée hors l'entreprise.
Soit les départements de médecine du travail font partie d'un SEPP (Service externe de Prévention et de Protection au travail). Ce sont alors des départements de médecine du travail interentreprises. Les SEPP sont obligatoirement des asbl (association sans but lucratif).
Un SEPP comporte toujours deux départements : le département de gestion des risques et le département de médecine du travail. Le premier département est dirigé par un Ingénieur (ou éventuellement par un autre Conseiller en prévention) à l'exclusion d'un médecin du travail. Le second est toujours dirigé par un Médecin du travail.
C'est le "département de gestion des risques" qui est multidiciplinaire : il comporte toujours au moins un ingénieur (ayant la spécialisation en sécurité du travail), un hygiéniste du travail, un ergonome, un spécialiste du psycho-social et un médecin du travail.
Le département de médecine du travail ne comporte, sur le plan réglementaire ... que des médecins du travail (les Conseillers en prévention-médecin du travail). L'infirmière du travail n'a pas reçu, en Belgique, de reconnaissance légale. Dans la réalité, il en va différemment.
Les SEPP sont compétents pour l'ensemble de la Belgique, les entreprises sont libres de s'affilier (et de se désaffilier) selon leur nécessité. Ceci peut provoquer des problèmes de concurrence. L'ensemble des petites et moyennes entreprises belge sont affiliés à des SEPP, ainsi que la plupart des entreprises de grande taille. La pratique de la médecine du travail dans ces dernières se rapproche fort de ce que l'on peut constater au niveau de la médecine du travail pratiqué par les SIPP, lorsque les stratégies des SEPP vont dans ce sens.
L'agrément de ces départements de médecine du travail se réalise en deux étapes. D'abord l'agrément communautaire (idem que le SIPP, mais ici par chacune des communautés où exerce le SEPP), ensuite le SEPP doit être agréé par le niveau fédéral (c'est le Conseil supérieur fédéral belge de Prévention et de Protection au travail qui est compétent à ce niveau). Cela doit se faire dans cet ordre.