Mediapart dans la pratique se présente avec deux entrées principales : Le Journal tenu par les journalistes professionnels de la rédaction et Le Club animé par les internautes abonnés. Le pari de Mediapart est donc de faire cohabiter les articles de la rédaction du journal et les contributions des lecteurs (dans les éditions participatives, dans les blogs personnels : « ses lecteurs ont la liberté de faire vivre le débat, de le susciter et de l'animer par leurs contributions, de l'organiser depuis leurs éditions collectives, de le prolonger dans leurs blogs individuels »), la modération se faisant selon un principe de responsabilité individuelle et collective. Par delà l'indépendance éditoriale et économique, l'articulation bi-céphale entre Club et Journal serait, dans l'architecture même du site, la condition sine qua non pour faire de Médiapart « le journal de ses lecteurs ». La charte de participation à Mediapart expose les motifs et règles déontologiques en vigueur.
Les contenus du journal sont actualisés trois fois par jour (9h/13h/19h). Chaque « Une » du journal (page d'accueil, page International, page France, page Economie, page Culture et idées) se présente en deux volets : la « Une » de la rédaction de Mediapart et la « Une » du Club, sélection d'articles des éditions ou de billets des blogs opérée par Mediapart. Le Club possède sa propre entrée, dont les articles mis en avant sont également choisis par la rédaction de Mediapart.
Mediapart s’est rapidement imposé par ses enquêtes fondées sur des documents (parfois non rendus publics mais vérifiés). Ce fut le cas dès le début avec « Les Folles Dépenses de la ministre Rachida Dati », mais aussi avec la publication du réquisitoire du Parquet dans l’affaire Kerviel.
Un article, fondé sur une étude interne à la CGT (« Présence, audience de la CGT, un état des lieux »), a permis de mieux comprendre les débats qui traversent la centrale syndicale et d’approcher plus précisément ses effectifs réels. Une étude qualitative interne à GDF, portant sur le moral des cadres de l’entreprise pendant la période de la fusion avec Suez, a été remarquée.
Les articles sur l’affaire EADS et les enquêtes des marchés financiers, sur les revenus des responsables des groupes du CAC 40, sur le « LBO, l'incroyable jackpot du monde fou de la finance », sur la volonté d’Areva d’acheter le parc nucléaire britannique, ont provoqué des remous dans les milieux enquêtés et parfois ont amené les responsables d’entreprise ou leurs chargés de communication à rompre avec leur refus initial de répondre aux questions du journal.
En revanche, un article comme « Des juges contournent la loi pour utiliser des tests ADN "ethniques" », n’a trouvé qu’un écho très limité dans le reste de la presse.
La rédaction de Mediapart prétend ainsi s'appuyer sur des articles d'investigation et d'analyse plus fouillés que ceux produits par la presse traditionnelle. Ce qui pose la question de la relation qu'entretiennent les autres journaux avec un nouveau-venu dans le paysage médiatique français : il semblerait en effet, selon l'article du 25 juin 2008 signé par la rédaction de Mediapart, que de nombreux confrères (l'AFP serait particulièrement visée) ont emprunté plusieurs informations exclusives sans respecter les règles d'usage dans ce cas.
Le 16 juin 2010, Mediapart a révélé l'existence et le contenu d'enregistrements effectués clandestinement en 2009 et 2010 au domicile de Liliane Bettencourt par son majordome, et montrant des relations inconnues jusqu'alors entre celle-ci et plusieurs membres du gouvernement, en particulier Éric Woerth et Valérie Pécresse, ainsi qu'avec le président de la République Nicolas Sarkozy lui-même, déclenchant l'affaire Woerth-Bettencourt. Cependant, le 8 Juillet 2010, le rapport d'un nouvel interrogatoire subi par l'ex-comptable de Liliane Bettencourt, dont Le Figaro s'est procuré une copie, ferait apparaitre que Mediapart aurait « romancé » les propos de l'ex-comptable en impliquant le président de la République. La rédaction de Mediapart répond que l'article a retranscrit fidèlement les propos du témoin recueillis en présence de tiers, et publie intégralement le procès-verbal de la déclaration de la comptable aux enquêteurs pour confirmer sa position. Commentant l'éclosion de cette affaire qui selon lui « affole le camp Sarkozy », le New York Times souligne que Mediapart propose un journalisme d'investigation que les médias dominants ne proposent plus guère en France.
Le Club et ses blogs se substituent de fait aux pages « Débats », « Idées », « Points de vue » (etc.) de la presse papier, tandis que les commentaires des articles et billets remplacent les « courriers des lecteurs ». Toutefois, de nombreux lecteurs se plaigneraient [Référence ?] de la censure qui y règne, notamment lorsqu'est évoqué le rôle qu'Edwy Plenel a joué lorsqu'il était à la tête de la rédaction du Monde. Ses détracteurs considèrent, en effet, qu'il a contribué, aux côtés de Jean-Marie Colombani et Alain Minc, à faire de cette vénérable institution un journal qui est aujourd'hui au bord du gouffre financier.
Les blogs, au nombre de 400, jouent parfois un rôle de premier plan dans l’information. Par exemple, le blog « Histoire et politiques scolaires » de l’historien Claude Lelièvre assure une veille constante sur les questions de l’éducation. Les blogs d’autres historiens, politologues, économistes, à la renommée établie, sont également pourvoyeurs d’articles choisis par la rédaction pour figurer à la Une générale ou à la Une de chacune des quatre rubriques de base de Mediapart : Benjamin Stora, Paul Alliès, Bastien François...
Certains blogs de journalistes sont relativement bien suivis. Le blog de Vincent Truffy, de concert avec celui de « Christel », une cadre en entreprise au blog vivant qui avait eu l’initiative, a abrité une série en neuf épisodes qui a suscité de nombreux commentaires.
Ce ne sont pas seulement les journalistes qui rendent compte de l’étranger : voir, par exemple, le blog de Yolaine Maillet (sur l’Irlande), le blog de Jean-Louis Legalery qui jette souvent un regard sur le monde à partir de la presse anglaise ou américaine.
Des blogs d’orientations politiques diverses se sont fait connaître, comme celui d’Ivan villa (Les Verts), de Philippe Corcuff (NPA), René Lorient (PS), Marie-Anne Kraft (Modem)… Mais on trouve aussi des blogs à orientation philosophique ou politico-philosophique (Mathieu Potte-Bonneville, Thierry Ternisien, Jean-Paul Yves Le Goff), littéraire (Stéphane Vallet, Dominique Conil), artistiques (Dominique Wittorski), ou des blogs de dessinateurs (Julien Revenu, Labul). Des blogs de professeurs des écoles (Sébastien Rome), de lycéens (Jonathan Dulché) ou simplement citoyens (Gwénaël Glâtre) attirent parfois beaucoup de lecteurs.
Dans le Club, des « éditions participatives», c’est-à-dire des espaces thématiques, trouvent leur place. Parmi les plus vivantes : Comic Strip, centrée sur la bande-dessinée, Bookclub pour la littérature, « Usages et mésusages de l'histoire » sous la responsabilité de Nicolas Offenstadt, « À l'heure suisse, La Suisse, si proche, si étrange... », sous celle de Samuel Dixneuf et PaperRoll, le lieu de la critique constructive des médias, sous celle de Florent Pommier. Le but de ces éditions est de créer un contenu participatif, appariant journal et club.
Plus de 100 éditions ont été créées en date de 2008. Elles abordent un spectre large, on peut distinguer plusieurs thèmes :