On peut observer des boules de lumière monter de la surface du fleuve près de Vientiane et Nong Khai ; elles sont parfois appelées « les boules de feu de Naga ». Les indigènes attribuent ce phénomène aux Phaya Naga, les dragons du fleuve.
Le niveau du fleuve à marée basse au Cambodge est plus bas que la marée haute en mer. Les courants du Mékong s’inversent avec les marées sur sa longueur au Viêt Nam et jusqu’à Phnom Penh. Le très plat delta du Mékong au Viêt Nam est donc très sensible aux inondations, en particulier les provinces d’An Giang et de Dong Thap, près de la frontière avec le Cambodge.
Près de Luang Prabang, les boues du Mékong recèlent de l’or.
Le fleuve abriterait plus d’espèces de poisson géant que nul autre fleuve, notamment les poissons-chat géants du Mékong. Le record pour un animal d’eau douce est détenu par ce poisson-chat péché en 2005 dans le Mékong, qui pesait 293 kg.
Il existe aussi la raie géante Himantura chaophraya dont un spécimen péché le 28 janvier 2009 dans le Mékong a été estimé entre 250 et 350 kg pour une longueur sans la queue de 2,01 sur 2,10 mètres.