Le méthyl tert-butyl éther forme un azéotrope avec le méthanol qui dépend de la pression.
Le MTBE peut être détecté par le goût dans de l'eau à des concentrations de 5 à 15 μg·l-1.
Le CIRC, l'agence de recherche sur le cancer de l'Organisation mondiale de la santé, maintient que le MTBE n'est pas classable comme cancérigène pour l'homme. Le MTBE n'est donc pas classé comme cancérigène pour les humains à faible niveau d'exposition par le Centre international de recherche sur le cancer (CIRC). Toutefois, l'exposition à des doses importantes de MTBE présente des risques de santé non liés au cancer. Les effets de l'exposition prolongée à ce dérivé d'alcool ne sont pas pleinement compris.
Depuis 2007, les chercheurs ont peu de données concernant les effets sur la santé de l'ingestion de MTBE. L'«Environmental Protection Agency » (EPA) américaine a conclu que les données disponibles ne sont pas suffisantes pour quantifier les risques pour la santé du MTBE à de faibles niveaux d'exposition dans l'eau potable, mais que les données appuient la conclusion que le MTBE est un cancérigène humain potentiel à des doses élevées.