Le premier avis du Centre canadien de prévision d'ouragan fut émis le 26 septembre et mentionnait de façon assez générale la possibilité que la Tempête Juan puisse donner de forts vents et de la pluie sur les Provinces Maritimes. Le 27 septembre, comme l’ouragan Juan approchait, les premiers avertissements étaient lancés, mentionnant la possibilité de dommages significatifs par le vent, dont des pannes électriques, et les inondations par les pluies et l’onde de tempête accompagnant le système. Les médias locaux ont commencé à y faire écho et les autorités publiques furent avisées de prendre les mesures nécessaires en vue d’un désastre potentiel.
Le matin du 28 septembre, les derniers rapports indiquaient que Juan toucherait la Nouvelle-Écosse comme une tempête tropicale ou un ouragan de catégorie 1 marginal. Les bulletins météorologiques jusqu’alors indiquaient que la tempête faiblirait avant de toucher terre. À 21h00 TUC (18h locale), une mise à jour des avertissements fut émise parce que Juan menaçait, après révision, de frapper en ouragan de catégorie 1 élevé ou en faible catégorie 2. La plupart des commerces dans la zone menacée étaient fermés en ce dimanche ce qui implique que les préparatifs en vue de l’arrivée de Juan furent difficiles à organiser rapidement. Les habitants des Maritimes qui en avaient vu d'autres ne s'inquiétèrent pas outre mesure.
Les propriétaires de bateaux sécurisèrent leur embarcation et le ministère la défense ordonna le redéploiement des navires et sous-marins dans le Bassin de Bedford qui est mieux protégé que le port lui-même. La Garde côtière canadienne mit onze navires de recherche et sauvetage en alerte. Les vols à destination ou partant de l'aéroport international d'Halifax furent annulés dès 18h le 28 septembre. À Lunenburg, trois douzaines de yachts furent abrités et le Bluenose II fut mis en cale sèche. Peggys Cove, le fameux lieu touristique, fut envahi le dimanche après-midi par des curieux venu voir les énormes vagues se briser sur les rochers. Les policiers durent faire reculer la foule à cause du danger.
Même si aucune évacuation à grande échelle ne fut entreprise, l'évacuation des zones inondables entra en vigueur le soir du 28. Plusieurs centaines de personnes furent ainsi déplacées. Les ouvriers des services d’électricité, du gaz et des eaux furent mis en alerte en prévision de l’arrivée de Juan.
Immédiatement après la tempête, l’état d’urgence fut décrété à la Municipalité Régionale d’Halifax. Plus de huit cents soldats et marins des Forces armées canadiennes furent déployés par le gouvernement fédéral pour aider au nettoyage des débris qui retardaient la remise en service des systèmes électriques. Deux semaines furent nécessaires pour rétablir le courant dans la région. Le parc Point Pleasance complètement dévasté demeura fermé pour nettoyage et réparations jusqu’en juin 2004. 85% des arbres furent enlevés et les berges subirent une érosion importante Un programme de reboisement et de revitalisation fut entreprit en 2005 et reçu un million de dollars du gouvernement canadien.
Le gouvernement de la Nouvelle-Écosse débloqua 10 millions de $Can (de 2003) pour venir en aide aux sinistrés et des dons privés affluèrent également. L’île-du-Prince-Édouard débloqua quant à elle 200 000 $Can et le gouvernement fédéral annonça son propre programme d’aide.
Le maire de Toronto de l’époque, Mel Lastman, contribua à hauteur 50 000 $Can des fonds de sa ville pour remplacer les arbres sur l’Île-du-Prince-Édouard.
Les résidents, les gouvernements et les services publics des Maritimes furent fortement marqués par les événements. De plus, trois tempêtes majeures eurent un impact cette année-là au Canada : les restants de l’ouragan Isabel, l’ouragan Fabian et l’ouragan Kate, aussi bien sur terre qu’en mer.
On procéda donc à une refonte des mesures de préparations et d’urgence dans l’éventualité d’une autre catastrophe météorologique. Cela est particulièrement important avec les données climatologiques qui montrent l’augmentation probable des ouragans et des cyclones extratropicaux majeurs à cause du réchauffement global de la planète. Les mesures prises depuis 2003 furent misent à l’épreuve lorsque l’ouragan Ophelia fut annoncé près de la Nouvelle-Écosse au début septembre 2005.
Juan contribua à divers changements au Centre canadien de prévision d'ouragan, du Service météorologique du Canada. Ce dernier était situé dans un édifice vulnérable dans le quartier Dartmouth d’Halifax et fut déplacé dans un bâtiment moins exposé pouvant résister aux effets d’un ouragan. Les bulletins d’avertissements du CCPO furent modifiés pour ressembler à ceux du National Hurricane Center américain. Traditionnellement, comme les ouragans touchent peu souvent les terres au Canada, on y mentionnait les zones en avertissement de vents violents, pluies abondantes et ondes de tempête, comme pour une tempête non tropicale. Même si les avertissements lancés pour l’ouragan Juan se révélèrent exacts et furent donnés à temps, le post-mortem démontra que l’on attire plus l’attention de la population si on les remplace par des veilles et des avertissements contenant le terme ouragan dans de tels cas. Ces changements furent opérationnels dès la saison des ouragans de 2004.
À cause de ses effets dévastateurs au Canada, Environnement Canada demanda que le nom Juan soit retiré de la liste pour toute tempête future dans l’Atlantique. L’organisme cita les pertes matérielles et les morts, l’impact sur l’économie et la destruction sur le territoire de deux provinces de millions d’arbres. C’est la première fois que le Service météorologique du Canada faisait une telle demande. En effet, en général les ouragans, ou leurs restants, affectant le pays passent d’abord le long de la côte américaine et la demande vient habituellement des États-Unis. L’Organisation météorologique mondiale répondit favorablement à la demande et retira Juan de la liste. Elle le remplaça par Joaquin pour la saison 2009 dont la liste était déjà publiée. Les noms Jaime et Jorge avaient également été suggérés.