Les vents soutenus maximaux lors de l’entrée de Juan sur la Nouvelle-Écosse atteignirent les 160 km/h avec des rafales de 185 km/h. Les dommages furent moindre à l’ouest de la trajectoire de l’ouragan dans les municipalités de St. Margaret's Bay et Mahone Bay. Mais le long de celle-ci, les villes d’Halifax et de Truro (Nouvelle-Écosse) subirent des dégâts très importants. La sévérité des dommages dans la Municipalité Régionale d’Halifax (MRH) fut telle que les météorologues pensèrent initialement l’associer à un ouragan de catégorie 3. Cependant, les vents mesurés ne justifiaient pas ce classement et il fut officiellement classé à la limite entre la catégorie 1 et la 2 lors de son entrée à Halifax. En fait, les arbres portant encore leurs feuilles ont amplifié l’effet des vents et plusieurs millions d'entre eux furent endommagés ou abattus.
Juan causa des dommages sur un vaste territoire en Nouvelle-Écosse, particulièrement dans la MRH. Un corridor d’arbres fut abattu par les vents, bloquants les rues et brisant les lignes électriques. Plusieurs maisons et commerces subirent des dommages structurels, en particulier aux toits, et quelques bâtiments plus fragiles furent complètement détruits Les autorités de la MRH estimèrent que 31% des maisons avaient subi des dommages plus ou moins sérieux et 27% suffisamment endommagées pour réclamer un dédommagement aux assurances
Juan priva d'électricité plus de 700 000 personnes en Nouvelle-Écosse. Les réparations prirent jusqu’à deux semaines dans les régions rurales les plus reculés de la côte Est de la province et de la vallée de la rivière Musquodoboit. La compagnie d’électricité locale, Nova Scotia Power, ne dénombra pas moins de 27 lignes de transmission principales, 31 sous-stations de distribution, 117 systèmes d’alimentation et de nombreuses tours de transmissions endommagés par l’ouragan. 70% des arbres du parc Point Pleasant d’Halifax furent détruits ce qui le transforma radicalement. Les jardins publics de la ville subirent également d'importants dommages.
Juan causa la mort de six personnes. Deux morts sont directement liées à la chute d’arbres, l’un sur un ambulancier à Halifax et l’autre sur un automobiliste à Enfield (Nouvelle-Écosse). Les quatre autres morts sont liées à des causes indirectes dont trois dus à des incendies causés par des chandelles lors de la panne électrique, le dernier étant sauveteur après la tempête.
La forte concentration urbaine autour du port d’Halifax subit l’assaut directement, on estime que les rafales ont atteint jusqu’à 230 km/h selon des rapports non officiels. Les bouées de détection à l’entrée du port ont rompu leurs amarres après avoir signalé des vagues de plus de 20 mètres. Ces vagues ont contribué à l'accumulation d'eau dans le port et frappèrent de plein fouet les lieux les plus exposés, près de l'entrée du port. L’érosion des rives très peuplées du port fut significative, particulièrement dans le Bassin de Bedford où les vagues de l’onde de tempête frappèrent le plus fort les résidences et les voies du chemin de fer. L’onde de tempête fut la plus importante dans les annales à l’intérieur du port d’Halifax atteignant 1,5 à 2 m mais le pire fut évité car l’onde de tempête arriva deux heures avant la marée haute. Si les deux phénomènes avaient coïncidés, le niveau de l’eau aurait été supérieur de 45 cm, inondant une bien plus importante superficie.
Au centre-ville d’Halifax, des rochers aussi gros que des poubelles furent projetés depuis le port jusque dans les rues adjacentes. L’hôpital Victoria General, hôpital majeur, subit d'importants dégâts et dut être évacué durant la tempête. Plusieurs habitations durent également être évacuées. De nombreux panneaux publicitaires et de signalisation routière furent emportés par le vent. Des automobiles et des camions furent écrasés par des arbres et d’autres débris. Les côtes furent inondés, y compris dans le port, par l'onde de tempête mais les inondations furent assez mineures plus à l’intérieur des terres. Les pluies ne furent, en effet, pas très importantes grâce au déplacement rapide de Juan et de l’air sec du côté sud de la tempête. Le maximum rapporté ne fut que de 52 mm
Juan quitta la Nouvelle-Écosse en traversant le détroit de Northumberland avec une intensité de catégorie 1. Il diminua cependant rapidement d’intensité en se déplaçant sur les eaux froides du Golfe du Saint-Laurent. Des rafales à 139 km/h furent rapportées à Charlottetown (Île-du-Prince-Édouard) et à 107 km/h aux îles de la Madeleine.
Sur l’Île-du-Prince-Édouard, les dégâts dus aux vagues et aux vents furent très importants. À Charlottetown, les bateaux de plaisance et le mur brise-lames furent endommagés, de nombreux arbres d’un parc urbain ancien furent cassés ou abattus. On rapporte également beaucoup d’autres arbres affectés dans l’île ainsi que des granges, des silos et autres structure plus fragiles. La panne électrique quasi-générale causée par Juan dura jusqu’à cinq jours en certains endroits.
La trajectoire assez localisée des vents violents de l’ouragan fit que le Nouveau-Brunswick et l’ouest de l’Île-du-Prince-Édouard en sortirent presque indemne. Il perturba le vote pour la législature de l’île du 29 septembre mais de façon marginale puisque 80% des électeurs s’y rendirent quand même.
Terre-Neuve subit des pluies abondantes qui n'eurent pas trop d'impact sur la région. Deux morts survinrent au large de l’île d’Anticosti (Québec), dans le golfe du Saint-Laurent, où deux pêcheurs professionnels venant du Nouveau-Brunswick se noyèrent.