Le 25 janvier 2007, il est radié provisoirement du Collège des médecins du Québec en attendant que le Comité de discipline de l'ordre se penche sur deux constats d'infraction selon lesquels il aurait prescrit de manière abusive des anti-psychotiques à deux de ses patients. Il a pu cependant poursuivre l'animation de son émission, cette activité n'étant pas considérée comme un acte médical.
Le 16 février 2007, la station CKRS du groupe Corus, à Saguenay, décide de se porter à la défense de Pierre Mailloux. Une pétition mise de l'avant par CKRS et une de ses auditrices est expédiée au Collège des médecins du Québec. Les signataires demandent au Collège des Médecins du Québec de permettre à Pierre Mailloux d'exercer sa profession de psychiatre jusqu'à l'audition de sa cause devant le comité de discipline.
Le 5 avril 2007, la juge Louise Provost du Tribunal des professions suspend la décision du Collège des médecins radiant Pierre Mailloux. Selon la Presse canadienne, reprenant une nouvelle de TQS, la "juge écrit que l'étendue du préjudice irréparable que subit Pierre Mailloux est flagrante. Elle estime que la cause doit être entendue sur le fond".
En novembre 2009, «le Conseil de discipline du Collège des médecins du Québec [...] le déclare coupable de 13 des 14 chefs dont il était accusé». Selon les experts appelés à témoigner, Pierre Mailloux aurait posé « des diagnostics intempestifs », aurait prescrit « des médications inadéquates, souvent à des doses dépassant les normes établies », compromettant la santé des patients. Mailloux aurait également « réclamé des honoraires injustifiés » pour des services couverts par le régime d'assurance maladie du Québec.
En février 2010, le Collège des médecins a précisé ses intentions. Il entend demander « la radiation du Dr Pierre Mailloux pour un an, des amendes totalisant 23 000 $ et une interdiction permanente de pratiquer auprès d'enfants ». Les amendes proposées concernent aussi « des propos qu'il a tenu » sur les Noirs.