6 exemplaires construits en 1964 et immatriculés 11201 à 11206, renumérotés 11101 à 11106 en 1967. Ils ne possèdent qu'un seul pantographe standard (en losange).
49 exemplaires construits entre 1967 et 1968, immatriculés 11107 à 11155. D'aspect très similaire aux six prototypes, ils sont légèrement plus long (14 900 mm contre 14 800 pour les prototypes).
Par la suite, certains exemplaires, aussi parmi les prototypes, reçurent un pantographe unijambiste à la place du losange.
Entre 1972 et 1975, les CFF équipèrent 8 locomotives Re 4/4 II d'attelages automatiques UIC pour tracter les nouveaux trains intervilles Swiss-Express composés des voitures du type VU III. Ces locomotives reçurent une livrée spécifique orange et blanche et l'écusson suisse frontal fut remplacé par le logo des CFF. Afin de recevoir une paire de tampons hydrauliques, la traverse de tamponnement a été modifiée, portant la longueur totale du véhicule à 16 030 mm.
Locomotives modifiées : 11103, 11106, 11108, 11109, 11112, 11113, 11133 et 11141.
La série fut normalisée en 1987 et les attelages UIC firent place à des attelages standards à vis. La livrée orange et blanche fut conservée jusqu'à la prochaine révision générale.
En 2004, le chemin de fer BLS reprend l'ensemble de l'exploitation du S-Bahn de Berne et abandonne le trafic à longue distance. Toute la série de voitures du type IV BLS (32 voitures, 12 A et 20 B) devient alors inutile à la compagnie bernoise qui l'échange contre l'intégralité de la série des voitures unifiées III des CFF, mieux adaptées à un trafic RegioExpress.
Pour tracter ces trains, le BLS achète en décembre 2004 6 locomotives Re 4/4 II de la 1ère série (n° 11110, 11117, 11119, 11123, 11137 et 11142), puis 6 autres un an plus tard (n° 11102 à 11107). Ces locomotives sont renumérotées au BLS Re 420 501 à 512.
221 exemplaires construits entre 1969 et 1985, immatriculés 11156 à 11349, puis 11371 à 11397. Les exemplaires de cette série disposent de deux pantographes unijambistes, la longueur hors tampons est plus généreuse (15 410 mm, soit 510 mm de plus que la 1ère série).
Les exemplaires de la dernière commande passée en 1981 (n° 11371 à 11397) furent les seuls à disposer de projecteurs halogènes rectangulaires dès leur sortie d'usine, alors que toutes les autres Re 4/4 II et III (et les Re 6/6) ne possédaient que de phares ronds à très faible portée. Aujourd'hui, toutes les Re 4/4 II et III sont équipées de projecteurs halogènes.
Les locomotives n° 11196 à 11201 reçurent sur l'un des pantographes une palette de 1 950 mm de large, leur permettant de circuler sous caténaires DB et ÖBB entre St. Margrethen et Lindau.
9 Re 4/4 II, les locomotives n° 11158 à 11161 et 11249 à 11253 reçurent à la livraison la livrée bordeau et crème des Trans-Europ-Express et seront attribuées à la traction de ces prestigieux trains (TEE Helvetia, L'Arbalète, Lemano, Cisalpin, Roland). À la fin des services TEE, la livrée bordeau/crème fut conservée jusqu'à la prochaine révision générale.
Les Re 4/4 II qui reçoivent une livrée CFF Cargo portent l'immatriculation UIC Re 420.
Les Re 421 sont des Re 4/4 II en livrée CFF Cargo qui sont équipées des appareils de sécurité Indusi et d'une palette large sur un pantographe (à l'instar des n° 11196 à 11201) leur permettant de circuler en Allemagne et en Autriche. Malgré leur livrée spécifique au trafic des marchandises, ces locomotives tractent quelques trains de voyageurs EuroCity entre Zürich HB et Lindau.