Les utilisateurs de SETI@home sont rapidement entrés en compétition les uns contre les autres pour déterminer qui analysera le plus d'unité de travail. Chaque unité de travail analysée est créditée et compilée statistiquement par le projet. Des équipes se sont formées pour combiner les efforts individuels. La compétition s'est poursuivie et s'est étendue avec l'avènement de BOINC.
Comme pour toute compétition, des tentatives de tricherie ont été faite pour obtenir le crédit d'analyses qui n'ont pas été faites. Pour contrer cela, toutes les unités de travail sont envoyées à plusieurs ordinateurs par SETI@home. On appelle cela la "réplication initiale" ("initial replication"). Au départ, on envoie les unités à 3 ordinateurs différents. L'unité de travail est créditée au moment où il y a au moins deux réplications qui ont été retournées et qui présentent des résultats cohérents entre eux. On appelle cela "quorum" ("minimum quorum"). Si suite à des erreurs de traitement informatique ou à une tricherie par soumission de fausses analyses, les résultats ne sont pas cohérents, des répliques supplémentaires sont envoyées jusqu'à ce que le quorum soit atteint. Le même crédit final est alors accordé à toutes les machines qui ont retourné le résultat correct. Puisque le crédit d'analyse varie parfois légèrement d'un ordinateur à l'autre ( à cause de différences mineures entre les processeurs), le crédit final accordé correspond au plus petit crédit réclamé.
Certains utilisateurs ont installé et fait fonctionner SETI@home sur des ordinateurs de leur milieu de travail. Cette action est nommée, en anglais, "borging", d'après les Borgs, une race de créatures assimilatrices de l'univers de science-fiction Star Trek. Dans au moins un cas, ceci a mené au licenciement d'un employé.
D'autres utilisateurs ont accumulés de grandes quantités d'équipement à la maison pour créer des "fermes SETI" ("SETI farms"). Elles consistent normalement en une série d'ordinateurs empilés, sans moniteurs, et n'ayant qu'une carte mère, un processeur, de la mémoire vive et une alimentation électrique.
Des annonces avaient été faites concernant la possible utilisation de l'Observatoire de Parkes en Australie afin d'analyser l'hémisphère sud. Cependant, cette idée semble avoir été abandonnée (on n'y fait plus mention sur le site Internet du projet).
Le calcul distribué est aussi utilisé pour la recherche médicale avec, entre autres, des projets recherchant des traitements pour le SIDA (FightAIDS@home) et étudiant le repliement de protéine dans diverses configurations de température et de pression (Folding@home). Depuis l'arrivée de la plate-forme BOINC, les utilisateurs peuvent diviser le temps de travail de leur ordinateur entre différents projets en accordant à chacun un pourcentage donné du temps de processeur.
Comme pour tout projet à long terme, il y a plusieurs facteurs qui pourraient menacer la poursuite de SETI@home. Quelques-uns d'entre eux sont détaillés ci-après.
Pour le moment, SETI@home obtient ses données brutes des installations de l'Observatoire d'Arecibo. Ces dernières sont opérées par le National Astronomy and Ionosphere Center, administré par l'Université Cornell. La baisse du budget d'opération de l'observatoire a créé un manque à gagner qui n'a pas (encore ?) été compensé par d'autres sources telles des donateurs privés, la NASA, d'autres institutions de recherche étrangères ou associations à but non lucratif comme SETI@home. Ce manque tourne aux alentours de 2 5 millions de dollars américain, ce qui serait l'équivalent d'à peu près 0,5 % du montant dépensé en électricité par l'ensemble des utilisateurs de SETI@home.
Sans les fonds nécessaires, la National Science Foundation a clairement fait savoir que l'observatoire fermera en 2011, ce qui coupera la source des données de SETI@home.
Lorsque le projet fut lancé, il y avait peu d'autres projets de recherche auxquels il était possible de donner du temps d'ordinateur. Il existe aujourd'hui beaucoup d'autres projets similaires (surtout depuis le lancement de la plate-forme BOINC) avec lesquels SETI@home est en concurrence.
En date du 16 octobre 2005, approximativement un tiers de l'analyse des unités de travail sur les versions pré-BOINC du logiciel étaient faites à partir d'ordinateurs situés au travail ou à l'école. Des politiques plus sévères concernant l'utilisation des ordinateurs professionnels (en dehors de la "maison") pourraient donc nuire au projet. Rappelons que dans au moins un cas, une personne fut renvoyée suite à l'installation et l'utilisation non-autorisées de SETI@home sur des ordinateurs utilisés pour l'État de l'Ohio.
Actuellement, il n'y a pas de fonds gouvernementaux consacrés à la recherche SETI. Des dons privés ainsi que l'aptitude du Berkeley Space Science Lab à fonctionner avec de petits budgets ont permis à SETI@home de se poursuivre bien au-delà de la durée initiale prévue pour le projet. Il doit cependant continuer à compétitionner contre d'autres projets SETI ainsi que des projets de sciences spatiales pour l'obtention de fonds.
Certains individus et compagnies ont fait des changements non-officiels à la partie distribuée du logiciel pour tenter de produire des analyses plus rapidement. Ceci a compromis l'intégrité de l'ensemble des résultats. En conséquence, le logiciel a dû être mis à jour pour mieux détecter de tels changements. Bien que SETI@home ne soit pas à l'abri des analyses trafiquées, il se protège de ces dernières par l'analyse de la cohérence entre les résultats d'analyses d'une même unité de travail par plusieurs ordinateurs différents.