Les thromboses sont à traiter par les anticoagulants oraux, parfois à fortes doses et à vie dans les cas les plus graves.
Le traitement préventif fait appel à l'aspirine à faible dose et aux héparines (Héparine de bas poids moléculaire).
Lorsqu'une cause est décelée, son traitement est susceptible d'améliorer le syndrome.
Chez la femme enceinte, la prise d'aspirine, par ses propriétés anti-agrégantes plaquettaires, associée à une héparine de bas poids moléculaire pourrait prévenir le risque de fausse-couche.
Il est retrouvé, de manière non spécifique, une augmentation de la vitesse de sédimentation, un syndrome inflammatoire, une thrombopénie.
Certaines anomalies sont évocatrices du syndrome, qui demande à être confirmé : Allongement du Temps de Céphaline activée (TCA) avec temps de Quick sensiblement normal, ce qui est évocateur d'un anticoagulant circulant si cet allongement est corrigé par l'adjonction de phospholipides en excès, tests de dilution avec mélanges de sérums.
Le syndrome est prouvé par la présence d'un anticorps antiphospholipide, anticardiolipine et anti-Beta2Glycoprotien I, rarement anti-phosphatidyléthanolamine ou anti facteur VIII (IgG ou IgM). L'association de l'une de ses anomalies biologiques (deux tests successifs positifs) et d'une manifestation thrombotique et/ou une fausse couche inexpliquée fait porter le diagnostic de syndrome des antiphospholipides.