La bibliothèque universitaire est l'une des plus importantes du pays et la plus ancienne, avec près de 6 millions de volumes. Elle abrite une large collection de manuscrits médiévaux [2], comme par exemple le De revolutionibus orbium coelestium de Copernic, ou le Codex de Balthasar Behem.
Elle comporte aussi des ouvrage de la littérature souterraine (aussi appelée drugi obieg) (Samizdat) de la période communiste (1945-1989).
L’une des propriétés les plus controversées de la Bibliothèque Jagellonne est la collection dite « Berlinka » (en français : « fonds berlinois »). Ces fonds venus de la Bibliothèque d'État de Berlin, entreposés dans des châteaux et des grottes de l'Est de l'Allemagne d'alors (Silésie) pour les mettre à l'abri des bombardements de la fin de la Seconde guerre mondiale, se sont retrouvés sur le territoire polonais suite aux modifications territoriales de 1945. On y trouve les manuscrits originaux de compositions de Johann Sebastian Bach, Wolfgang Amadeus Mozart (plus de cent partitions), Ludwig van Beethoven (parmi eux l'Ode à la joie de Symphonie n° 9 ), Niccolò Paganini, Felix Mendelssohn, Luigi Cherubini, Franz Schubert, Robert Schumann, Johannes Brahms, les manuscrits des lettres de Martin Luther, de Gottfried Leibniz, d’Albrecht Dürer, de Johann Wolfgang von Goethe, des frères Grimm, de Georg Wilhelm Friedrich Hegel et d’Alexander von Humboldt. Il n'y a aucun catalogue connu de cette curieuse collection, d’ailleurs rarement exposée.
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