L’OCDE définit la biotechnologie comme « l’application des principes scientifiques et de l'ingénierie à la transformation de matériaux par des agents biologiques pour produire des biens et services ».
La biotechnologie, ou « technologie de bioconversion » comme son nom l'indique, résulte d'un mariage entre la science des êtres vivants – la biologie – et un ensemble de techniques nouvelles issues d'autres disciplines telles que la microbiologie, la biochimie, la biophysique, la génétique, la biologie moléculaire, l'informatique…
Par abus de langage, on la restreint souvent au domaine du génie génétique et aux technologies issues de la transgénèse, permettant en particulier d'intervenir sur le patrimoine génétique des espèces pour le décrypter ou le modifier (voir organismes génétiquement modifiés).
Elles apparaissent à la fin du XXe siècle, et sont d'abord essentiellement basées sur la transgenèse, mais pourraient encore évoluer avec les progrès des nanotechnologies et de la bio-informatique. On les classe parfois en trois catégories :
Les technologies basées sur la transgénèse sont devenues la base des biotechnologies qui s'appuient maintenant sur les nouveaux outils de décryptage des génomes, avec pour but premier la création de nouveaux produits d'intérêt commerciaux, par :
Ces technologies ont donc générées d'importants débats éthiques, politiques et économiques sur le brevetage du vivant, parfois conflictuels.
Les biotechnologies jouent un rôle important dans le secteur des industries de la santé, mais ont aussi un rôle émergent dans les secteurs de l’environnement, de l’agriculture, de l’agroalimentaire, ainsi que pour la mise au point de processus industriels innovants. Selon l'OCDE, elles contribuent aujourd'hui à moins de 1% du PIB des pays de l'OCDE, mais ce seuil pourrait monter à 2,7% d'ici 2030. L'Union européenne « investit 1,9 milliard d'euros dans la création d'une bioéconomie européenne au titre du thème « Alimentation, agriculture et pêche, et biotechnologie» du septième programme-cadre (7e PC). »
Selon les promoteurs des biotechnologies, ces dernières peuvent ou pourraient contribuer à diminuer les émissions de nombreux polluants ou gaz à effet de serre, mieux protéger les ressources en eau, cultiver sur des sols pollués ou irriguer avec de l'eau salée, diminuer l'usage d'engrais et pesticides en rendant des plantes capables de produire leur propre « biopesticide » et capter dans l'air l'azote dont elles ont besoin ;
Le développement d'abord expérimental (dans les années 1980) puis en plein champs (années 1990/2000) des biotechnologies dans le domaine de l'agriculture, et de l’agronomie, au travers en particulier des OGM soulève de nombreuses polémiques, au niveau de certains groupements professionnels d'agriculteurs (comme la Confédération paysanne en France) et des ONG comme Greenpeace ou les Amis de la Nature. L'association Inf'OGM suit l'actualité dans ce domaine afin d'alimenter le débat public. Les entreprises actives dans ce secteur sont représentées au niveau européen par EuropaBio.
Selon un rapport de l'OCDE de 2009, « d'ici 2015 environ la moitié de la production mondiale de grandes cultures alimentaires et fourragères sera assurée par des variétés mises au point à l'aide de la biotechnologie. ».
Le secteur de la santé (humaine et vétérinaire) fait un appel croissant aux biotechnologies, pour découvrir, tester et produire de nouveaux traitements (ex : vaccins, protéines recombinantes, anticorps monoclonaux, thérapie cellulaire et génique (non-virale) ), mais aussi pour diagnostiquer et comprendre les causes des maladies. Ceci suppose un effort de recherche très important pour comprendre le fonctionnement des organismes, et concevoir des médicaments capables d'agir sur d'éventuelles perturbations, et pour mieux différentier la part du génétique et de l'environnemental dans l'étiologie et l'épidémiologie des maladies.
Cet effort de R&D est de plus en plus externalisé par l'industrie pharmaceutique vers les sociétés de biotechnologie, avec l'objectif d'avoir accès à une offre plus diversifiée de produits finis, c’est-à-dire de candidats médicaments pour lesquels la preuve de concept (essais in vitro et/ou en culture cellulaire), la preuve de faisabilité (essais chez l’animal), voire l'évaluation clinique chez l’homme ont déjà été faites.
La présence effective d’un tissu de jeunes entreprises innovantes de biotechnologie est donc une source d’innovations majeures pour le secteur pharmaceutique. Ainsi, actuellement 15% des nouveaux médicaments seraient issus des biotechnologies et les projections portent ce chiffre à 40% pour 2010.
C'est le domaine pour lequel le public admet le mieux l'usage des biotechnologies quand il fait appel à la transgénèse, à condition que les micro-organismes génétiquement modifiés soient cultivés en réacteurs fermés et non en plein champs, et avec les meilleurs conditions de biosécurité.
Bien au-delà du secteur pharmaceutique, les biotechnologies blanches jouent un rôle croissant dans la bio-industrie, dont dans les domaines de l’environnement. Les technologies blanches parfois dites de seconde ou troisième génération utilisent généralement des bactéries utilisées comme vectrices et/ou productrices de substances d'intérêt technique et commerciales.
Les biotechnologies blanches peuvent aussi contribuer à la mise au point de capteurs de l’état de l’environnement, de sa pollution par des substances chimiques. Elles peuvent servir à la mise au point de procédés de recyclage innovants. Les organismes génétiquement modifiés peuvent être utilisés pour produire des matériaux innovants, des substances chimiques, très difficiles ou très coûteux à obtenir par la chimie traditionnelle.
Les biotechnologies constituent donc un vaste domaine, aux applications industrielles importantes, et en terme économique un très vaste marché :