Parmi les autres problèmes soulevés par cette plate-forme, il convient de noter la question récurrente de la redevance audiovisuelle en Suisse, pour laquelle Zattoo constitue pour le moment une exception à la règle. Depuis le 1er septembre 2008, l'exception est cependant tombée et il convient de verser la redevance. Des questions similaires auraient pu se poser en France si le service s’y étend, car mis à part le cas de TF1 et M6, qui sont privées et ne font pas encore partie des tests en France, les chaînes du groupe France Télévisions font partie du service public et devraient être soumises à la redevance audiovisuelle. Néanmoins, le principe de la redevance audiovisuelle en France ne s’applique pas aux ordinateurs personnels, qu’il y ait un tuner ou pas (comme dans le cas de Zattoo) voir site des impôts. En Grande-Bretagne, la loi de TV Licensing oblige tout possesseur de matériel informatique permettant la réception audiovisuelle à payer un impôt ; ne sont pas précisés le cas des chaînes via internet (le contenu de Channel 4 par exemple est gratuit, mais réservé aux résidents britanniques par géolocalisation IP). De même, la redevance en Allemagne au travers des différentes instances locales s’élève à 80 % du financement des chaînes ; le problème se pose à nouveau puisque Zattoo propose un échantillon important de chaînes locales allemandes sur son bouquet, ainsi que de stations de radio locale à venir.
Les chaînes diffusées sur Zattoo l’ont été gratuitement jusqu’au 18 juin 2009. À mesure que le bouquet s’étendra à d’autres pays, premièrement des pays européens, puis le Canada et les États-Unis, de nouvelles chaînes et services payants (ou contenus « premium ») seront ajoutés. De plus, le service a lancé des publicités courtes au moment de la connexion à un canal ou lors du zapping vers un autre canal. Depuis le début de tests concernant la radio en Allemagne, il est aussi possible d’envisager que des publicités soient diffusées pendant le streaming audio. Le contenu publicitaire est également étendu avec des accès à des contenus multimédia (bannières et liens hypertextes) pendant les-dîtes publicités. Les canaux diffusés sont issus d’accords entre la chaîne et la société de diffusion, et des cryptages de gestion numérique des droits ou DRM sont utilisés pour la protection des droits d’auteur. Sûrement pour la même raison, il n’est pas possible d’utiliser Zattoo pour enregistrer des chaînes sur son ordinateur.
Le 5 août 2008, le site mettait en ligne un commentaire sur son blog [1] à destination de ses téléspectateurs espagnols pour le moins surprenant : afin de pouvoir faire face aux coûts très élevés liés à la popularité du player en Espagne, Zattoo proposait, pour « le prix d’un café » soit 2,24 € T.T.C. d’avoir accès au logiciel et ce uniquement pour les mois d’août et septembre, un abonnement somme toute, effectué par l’envoi d’un SMS facturé. La réaction a été immédiate sur la toile, les utilisateurs espagnols n’acceptant pas qu’il faille payer pour recevoir des chaînes gratuites de la TNT espagnole (TDT). Il est encore trop tôt pour savoir si cela aura des conséquences quant au nombre de visiteurs en provenance de ce pays, mais on voit ici une première limite du système reposant uniquement sur la publicité pour l’instant.