Ouvert à Pau en 1990, le CIEH s'inscrit dans le droit fil de la philosophie du GRT (Groupe de Réflexions Transdisciplinaires, fondé à l'université de Pau en 1981).
La ligne pédagogique du CIEH est celle de la transdisciplinarité, c'est-à-dire de la liaison nécessaire entre les disciplines jusque-là confinées dans des territoires étanches. L'expérience a montré que l'hyperspécialisation entraîne des effets néfastes tant dans le domaine de la recherche fondamentale que dans celui des applications professionnelles. À l'heure où les techniques de tous ordres manifestent des capacités considérables de transformation du monde, nous nous devons - c'est la mission des générations présentes - de prendre en compte la complexité et les enjeux des décisions qui l'accompagnent : car il s'agit bien de veiller à « l'habiter » de l'homme pour le bonheur de ses futurs locataires. C'est la raison pour laquelle le CIEH choisit clairement la version humaine de l'écologie.
Cette ouverture à d'autres champs disciplinaires n'est pas un nouvel encyclopédisme, encore moins la tentation d'une science des sciences, mais incite à une attitude scientifique où l'échange des questions, des difficultés, renforce les méthodes de tous.