Une récente étude publiée dans la revue Molecular Ecology et réalisée par une équipe du Muséum national d'Histoire naturelle (Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité, CNRS UPMC EPHE, Sorbonne Universités), avec le CNRS et l'Université de Montpellier, apporte un éclairage inédit sur le cycle de reproduction de la truffe noire (Tuber melanosporum), encore mal connu. En effet, la production de ce champignon emblématique stagne en France malgré le développement de plantations d'arbres inoculés en pépinière (à ce jour, les sites spontanés ne représentent plus que 20% de la production). Les analyses génétiques de 950 échantillons en Languedoc-Roussillon montrent que:
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La « truffe » que nous consommons (qui est l'organe reproducteur de la truffe noire) résulte d'une fécondation entre deux individus très différents: le premier, de grande taille, considéré comme la mère, est associé aux racines des arbres voisins. Il persiste d'année en année et nourrit la truffe. Le second, considéré comme le père, est plus petit, annuel, et n'est pas associé aux racines d'arbres. Il pourrait résulter de la germination d'une spore non dispersée, formée précédemmentsorte de mâle qui ne survit que pour féconder un individu mieux installé (voir schéma joint).
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La plantation d'arbres inoculés n'a pas changé la diversité génétique des populations de truffes noires par rapport aux sites sauvages. Les gènes circulent donc encore librement entre ces milieux. A un détail près: en plantation, le nombre de pères est plus élevé et ils sont plus variés génétiquement, peut-être en raison d'apports de spores, volontaires ou non, lors des traitements trufficoles.
Il existe une variabilité géographique de la diversité génétique dans la région Languedoc-Roussillon, qui est encore préservée dans les plantations. Cela suggère qu'il ne faut pas trop mélanger les provenances des arbres inoculés si l'on souhaite préserver des caractéristiques génétiques locales de la truffe noire.
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