Le redressement matériel sous l'abbatiat de Jeanne Chrétien, dans les dernières années du XVe Siècle n'empêche pas les polémiques, dans un contexte d'agitation religieuse précédant la Réforme sur le mode de vie dans les abbayes : en 1495, trois sœurs avaient des enfants, vivant à leurs côtés, et l'évêque de Meaux laisse transparaitre des critiques.
À partir de la Renaissance, les abbesses de Faremoutiers furent nommées par le roi (et non plus élues par les sœurs avec approbation de l'évêque), dans le cadre du concordat de Bologne (1516) ; de grands noms se succéderont à l'abbatiat du XVIe au XVIIe : Louise de Bourbon (de la branche des princes de Bourdons-Vendôme, morte en 1586), Françoise de la Châtre (de la famille des barons de Montfort, morte en 1605), Marie-Anne de Béringhen. Ce qui n'empêchera pas le succès initial de la Réforme protestante dans plusieurs villes et les villages de la Brie à quelques lieues du monastère (Coulommiers, Saint-Siméon, Saint-Denis lès Rebais, La Ferté-sous-Jouarre).
L'abbaye a retenu les attentions royales au XVIIe siècle, Louis XIII la dotant d'une garde au village, et Louis XIV faisant venir son architecte Mansart pour la reconstruction du corps de logis de l'abbaye. Après sa mort et une vie agitée, la princesse de Clèves laissera la conservation de son cœur à l'abbaye, de 1684 jusqu'à nos jours sous un épitaphe de marbre noir. Toujours sous le règne de Louis XIV, Bossuet, l'évêque écrivain de Meaux tenait l'abbaye de Faremoutiers en haute estime, comme une "sainte maison" et il entretint d'excellents rapports avec le monastère, avec des lettres et visites nombreuses (succès auprès de ses religieuses de ses Méditations sur l'Évangile et les Élévations sur les Mystères).
Faremoutiers traversera plus difficilement le XVIIIe siècle, passant pour avoir été touchée par la crise janséniste, avec un long procès civil entre l'abbaye et le diocèse de Meaux, et avec un patrimoine économique mal entretenu, et difficilement maintenu par les dernières abbesses : Claude de Durfort (de la famille des ducs de Duras), Françoise de Molé (de la famille du conseiller du roi), Charlotte-Julie le Normant, Mme de Maupéou (de la famille des chanceliers de Louis XV et de Louis XVI) .