Jusqu'en 1972, le trafic civil de Jakarta reposait sur le vieil aéroport de Kemayoran, construit par les Hollandais à l'époque coloniale.
La croissance du trafic amène les autorités indonésiennes à transformer la base aérienne de Halim Perdanakusuma en aéroport international, Kemayoran étant réservé au trafic intérieur. Halim n'était qu'une solution intermédiaire en attendant la construction d'un nouvel aéroport pour Jakarta. En effet, le développement de Jakarta faisait que Kemayoran se retrouvait enclavé dans la ville.
Soekarno-Hatta est relié à Jakarta par une autoroute à péage.
Un projet de liaison ferroviaire, représentant un investissement de 393 millions de dollars, a été annoncé. Le démarrage du projet devait avoir lieu en mars 2008. La mise en service de cette nouvelle ligne est prévue pour 2009. Elle aura une longueur de 33,7 km, dont 22 km en aérien. Pour les 11,7 km restants, la ligne utilisera la voie ferrée circulaire existante du KRL Jabotabek, le réseau express régional de Jakarta. Le terminus sera la gare de Manggarai, dans le centre de Jakarta.