Film interdit aux moins de 12 ans
Alors que le scénario était à peine esquissé, la production du film fut lancée. L'histoire reçut à plusieurs reprises des changements plus ou moins importants alors que David Fincher était déjà en train de tourner. On comprend alors pourquoi la réalisation de ce film fut chaotique. En définitive, le film est souvent considéré comme bancal mais les années passant critiques et public ont su à juste titre réviser leur opinion. Pour apprécier pleinement cet opus, il est préférable de le voir dans sa version director's cut.
La version alternative disponible sur l'édition spéciale en DVD diffère sur de nombreux points par rapport à la version sortie en 1992. Par exemple, dans la version cinéma, le xénomorphe sort d'un chien alors que dans l'édition spéciale, il sort d'un bœuf mort. On y voit l'apparition complète du background des prisonniers, les fameux chromosomes double Y. On apprend entre autres que la prison est fermée depuis plusieurs années, mais qu'ayant trouvé un équilibre dans le travail minier, ceux-ci ont été autorisés par la « Compagnie » à continuer leurs occupations ici. On en apprend ainsi beaucoup plus sur l'histoire du docteur Clemens. La fin, elle aussi, est différente. Si dans l'édition de 1992, on voit la reine Alien sortir du corps de Ripley quand celle-ci se suicide, il n'en est rien dans l'édition alternative.
A noter, qu'il n'y a pour l'heure aucune version "director's cut". En effet, David Fincher étant brouillé avec les producteurs qui ont remonté son film sans son accord, n'a toujours pas voulu y retoucher...
Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
Cet épisode contient également le mystère (ou incohérence ?) de la saga Alien : La provenance de l'œuf au début du film. Un sujet qui passionne les fans. Certains disent que c'est la Reine qui l'a pondu à la fin de Aliens le retour mais comment celle-ci peut-elle pondre sans son abdomen pondeur ? D'autres disent que c'est Bishop qui l'aurait embarqué et caché dans le Sulaco pendant l'absence de Ripley (parti sauver Newt). N'oublions pas que la mission de base de Bishop était de ramener un spécimen, Bishop est un androïde et il est conçu pour ça. Certaines scènes du précédent volet le montrent clairement. De même dans ce 3ème épisode où il éconduit du mieux qu'il peut les questions de Ripley en lui faisant croire qu'il a mal (depuis quand un androïde a mal ?). N'oublions surtout pas que l'on entend un oeuf s'ouvrir tout à la fin du générique de Aliens, le retour... ce qui indiquerait que James Cameron avait laissé un indice pour cette suite.