Dans la côte de Montlhéry, lorsque le train était plein, il fallait faire descendre des voyageurs, qui continuaient à pieds juqu'au sommet pour remonter ensuite dans les wagons.
En août 1909, le dernier train de voyageurs rentrant de Montlhéry dut stopper à hauteur de Longjumeau car un cheval tombé et empêtré dans ses harnais obstruait la voie. L'arrêt se prolongeait quand arriva le train de denrées maraîchères qui alimentait les Halles à une heure du matin. Le choc fut inévitable : on dénombra 12 morts et 40 blessés. On racontera que le chauffeur du train maraîcher était tellement « ému » que le chef de gare de Marcoussis avait voulu l'empêcher de monter sur la locomotive...
L'arpajonnais est reproduit à l'échelle HO par l'association Club modélisme ferroviaire arpajonnais (CMFA). Ses premiers panneaux ont été présentés en 1995, pour le centenaire de l'Arpajonnais, et l'ouvrage est régulièrement agrandi et exposé dans des salons de modélisme.
L'abandon des lignes de tramway desservant le centre de Paris entraînera la suppression le 31 décembre 1933 du service marchandises vers les Halles.
Le 5 octobre 1936 eut lieu la fin de l'exploitation entre Antony et Longjumeau et entre Marcoussis et Montlhéry, l'exploitation étant désormais réalisée par les autocars Daniel Meyer et la cessation de tout service marchandises.
Le 25 janvier 1937, l'exploitation de la ligne est reprise par des bus de la STCRP (ligne 88) ; c'est la fin de l'exploitation ferroviaire.
La ligne DM151 des bus Daniel Meyer est un lointain successeur de l'Arpajonnais.
La gare d'Arpajon est maintenant desservie par la ligne C du RER.