Dune fut colonisée par des esclaves Zensunni qui devinrent progressivement le peuple connu sous le nom de Fremen à l'époque du Jihad Butlérien.
La planète est un fief impérial que l'empereur peut accorder à une maison selon ses désirs. Au moment où commencent les évènements de Dune, la Maison Atréides en reçoit le contrôle de la main de l'Empereur Shaddam IV Corrino, au détriment de la Maison Harkonnen, accentuant ainsi l’antagonisme déjà existant entre ces deux grandes familles de l’Empire.
Il s'agit en réalité d'un piège orchestré par le Baron Harkonnen et l'empereur afin d'éliminer définitivement le Duc Leto Atréides et sa maison. Après la mort du Duc, le fils de la maison Paul et sa mère, Jessica, élève du Bene Gesserit s'enfuient dans le désert et son acueillis par les Fremens. Ils les mènent à l'assaut contre Arrakeen, capitale planètaire, où Paul, devenu préscient renverse l'empereur et s'empare de son trône. Arrakis devient alors la capitale politique et religieuse de l'empire sous la domination des Atréides.
Après la disparition de Paul, son fils Leto Atréides II fusionne avec les truites des sables, stade embryonnaire du ver, et devient l'Empereur-Dieu de Dune grâce au contrôle absolu qu'il exerce sur la production de l'épice. Dune ayant été terraformée entièrement sous son règne, il devient alors le dernier Ver des Sables vivant sur la planète, renommée Rakis. La mort de l’Empereur-Dieu après 3500 ans de règne entraîne la Grande Dispersion des humains dans l'univers, mais aussi le retour du désert : Rakis retrouve le mode de vie de l'ancienne Arrakis, et les mêmes coutumes liées à l'eau.
Lors du retour de la dispersion, les Honorées Matriarches, organisation mystérieuse et violente, provoque la destruction de la planète par armes atomiques. Il demeure un unique ver ayant été capturé et entrainé sur la Planète du Chapitre Bene Gesserit qui permet de perpétuer l'espèce et la production d'épice.