Les associations thématiques
Les associations d'étudiants étrangers
De nombreuses communautés d'étudiants étrangers ont créé des associations locales, qui servent notamment à organiser la solidarité entre eux, en particulier au moment de l'arrivée en France. Certaines d'entre elles se sont fédérées au niveau national, par nationalité, notamment pour les étudiants africains (ex : Association des étudiants burkinabè en France). La plupart de ces associations se forment sur un critère de nationalité (étudiants sénégalais, palestiniens… en France), mais aussi parfois supranational (Panafricaine de Moselle, Africapac à Bordeaux, etc.).
Certaines associations d'étudiants étrangers sont ou ont été aussi des mouvements politiques dirigeant leur action vers des pays où la liberté d'organisation était combattue. Par exemple, l'Union nationale des étudiants marocains (proche de l'UNEF-SE), l'Union générale des étudiants tunisiens…
On peut noter aussi l'existence du réseau université sans frontière.
Association religieuse
Elles ne sont pas des associations d'étrangers, mais des associations regroupant des personnes en fonction de critères religieux.
- Jeunesse étudiante chrétienne (JEC) C’est un mouvement spécialisé de l'Action catholique comme peuvent l'être la JOC (ouvrière) ou la JAC (agricole). Ses militants ont eu un rôle important dans le changement de majorité de l'UNEF au moment de la Guerre d'Algérie.
- Fédération française des associations chrétiennes d'étudiants, fondée en 1899, c'est l'organisation des étudiants protestants. Elle est membre de la Fédération protestante de France, sa discrétion s'explique en grande partie par le faible nombre de protestants en France.
- Union des étudiants juifs de France (UEJF). Elle est notamment active sur la région parisienne et dans l'Est de la France. Sa principale activité est la lutte contre l'antisémitisme dans l'enseignement supérieur comme à l'extérieur. Elle dénonce le communautarisme musulman et la solidarité avec la Palestine. Certains de ses positionnements sont contestés, comme par exemple le sionisme.
- Étudiants musulmans de France (EMF) est la principale association d'étudiants musulmans. EMF est proche de la mouvance de Tariq Ramadan et de l'UOIF. Leur activité est principalement religieuses et communautaire. En 2008, l’EMF n’a obtenu qu'un seul élu (CROUS d'Amiens). Cette association a été contestée, notamment en raison de son communautarisme ou de sa proximité avec les intégristes de l'UOIF.
Association environnementale
- Fac verte : association thématique créée en 2003, promeut l'écologie politique sur les universités mais a aussi des revendications dans le domaine social. Elle a obtenu 6 élus CROUS en 2008. Présente selon elle sur 9 campus en 2009.
Les organisations de doctorants
- La Confédération des Jeunes Chercheurs (CJC) regroupe les jeunes chercheurs (essentiellement les doctorants et les chercheurs contractuels). Elle ne présente de candidats qu'en collège personnel, revendiquant la reconnaissance du doctorat dans le tissu socio-économique ainsi qu'un statut de salarié pour tous les doctorants.
- Le Collectif des jeunes chercheurs contre la précarité (JCCP), de création plus récente, ne présente pas non plus de candidats au CNESER.
Les associations de coopération d'élus
La Conférence nationale des Etudiants Vice-Présidents d'Université (abrégé en CEVPU) est une association nationale qui réunit des étudiants assumant des fonctions de vice-président au sein d'une université française. La CEVPU se veut être une structure de mutualisation et d’expertise au service de tous les acteurs de l’enseignement supérieur. La présidente actuelle est Anne Beinier, Vice-présidente étudiante de l'université de la Réunion.
Associations sportives universitaires
Dans le sport universitaire il y a deux types d'associations : celles qui font des activités pour les étudiants (Fédération française du sport universitaire) et les clubs universitaires qui sont ouverts à tout le monde (mais souvent ce sont les mêmes personnes qui animent).