L’objectif principal du CIMM est de faire en sorte que le personnel des services de santé militaires ait les moyens de travailler ensemble, en utilisant des pratiques similaires à des opérations impliquant la coopération internationale. Il s’agit d’un objectif à long terme, et le CIMM travaille à sa réalisation en encourageant des activités scientifiques et techniques au cours desquelles les expériences sont partagées en établissant des contacts avec la communauté scientifique et par la promotion de manifestations régionales. Cela permet de mettre en commun les ressources et l'expérience de travail de la médecine militaire, à la fois sur le théâtre des opérations et dans un rôle de soutien dans le cas des situations de crise.
Le CIMM favorise les discussions sur les activités des Services de santé militaire lors de catastrophes majeures naturelles ou technologiques.
Dans ces domaines, les objectifs du CIMM sont les suivants:
Le CIMM a signé des accords avec l'OMS, l'OIE et ONUSIDA. Ces accords prévoient une coopération avec les Services de santé des armées des États membres en vue de détecter et de répondre aux grandes épidémies qui posent une menace mondiale pour la santé publique. L'OMS, l'OIE et ONUSIDA contactent individuellement chaque gouvernement. Le CIMM a également en projet la signature d'accords de collaborations avec d'autres organismes internationaux.
Au cours des dernières années, le CIMM a dû faire face à de nombreux défis : la nécessité de rester en contact étroit avec toutes les parties du monde, préparer entre deux congrès mondiaux, les questions qui seront débattues à l'Assemblée générale où les décisions sont prises. La mission de gérer la demande d’organisation de cours et d’activités scientifiques régionales, et la décentralisation de cours internationaux, comme le cours international sur le droit humanitaire. La nécessité d'éduquer tous les personnels médicaux et pas seulement d'informer les niveaux supérieurs des Services de santé. La nécessité de spécialiser les personnels médicaux dans des situations régionales, ils peuvent se rencontrer en opération partout dans le monde. La nécessité pour tous les personnels médicaux, de partager leur expérience pratique et scientifique et de savoir à l'avance les partenaires internationaux avec qui ils travailleront en opération.
Ainsi, le CIMM a inclus dans ses statuts le principe d'un Groupe de travail international (GTI) et des Groupes de travail régionaux (GTR), et a créé une Commission pour l'éducation. La composition du GTI est décidée, au cours de l'Assemblée Générale et aide le Secrétaire général à préparer les questions qui seront présentées et discutées lors de la prochaine session de l’Assemblée Générale. Les délégués des États membres du GTI sont le lien entre le Secrétaire Général et tous les États membres pour la période courant entre deux congrès mondiaux. Un GTR peut être créé par les différents États membres qui veulent partager leurs expériences et leurs problèmes sur une base régionale. La création d’un GTR est proposée et autorisée par l'Assemblée Générale. Actuellement, le Groupe de travail régional Pan Américain, le Groupe de travail régional Pan Africain, le Groupe de travail régional des pays du Maghreb et le Groupe de travail régional Pan Arabe sont actifs et organisent des congrès et des cours régionaux, entre deux congrès mondiaux. Au cours d’un congrès régional, une réunion des délégués des États membres du GTR, assure la continuité des travaux. Mais cette "Assemblée régionale" n'a pas de pouvoir législatif comme le "Assemblée générale" du CIMM. Le Secrétaire général reste en contact étroit avec le Président des GTR et le Président du Conseil scientifique peut aider à tous les aspects scientifiques du Congrès régional. La Commission technique pour l'éducation dépend du Président du Conseil scientifique, et aide à assurer la qualité des cours qui peuvent être décentralisés dans les zones des GTR. Le Président du Conseil scientifique est également en contact avec les coordinateurs qui organisent les cours, et le Secrétaire général est en contact avec les directeurs de cours internationaux, qui sont généralement les Directeurs des Services de santé des forces armées des États membres organisant un cours international dans leur pays. Le bon fonctionnement du GTI, du GTR et des cours sont les grands défis du CIMM dans les années à venir. L’organisation des Congrès mondiaux, des Congrès régionaux et des cours sont régis par des documents officiels comme les règlements d'ordre intérieur (ROI), qui sont votés par l'Assemblée Générale et, est complété par des guides pratiques.