L'École nationale des chartes est régie par le décret no 87-832 du 8 octobre 1987, modifié par le décret no 2005-1751 du 30 décembre 2005.
Aux termes de l'article 3 de ce décret, « L'École nationale des chartes a pour mission d'assurer la formation de personnels scientifiques des archives et des bibliothèques. Elle concourt à la formation de tous les personnels qui contribuent à la connaissance scientifique et à la mise en valeur du patrimoine national. Elle participe à la formation et à la recherche des étudiants en sciences de l'homme et de la société, particulièrement dans les disciplines relatives à l'étude critique, l'exploitation, la conservation et la communication des sources historiques. »
L’école a le statut de grand établissement et ses instances directrices sont composées du directeur de l'école, du conseil d'administration et du conseil scientifique.
Le directeur doit être professeur des universités ou issus des corps assimilés, notamment celui de « directeur d'études de l'École pratique des hautes études, de l'École nationale des chartes et de l'École française d'Extrême-Orient ». Il est nommé par décret du président de la République pour un mandat de cinq ans, éventuellement renouvelable une fois. Il est assisté d'un secrétaire général nommé également pour cinq ans.
Le conseil d'administration, qui comprend 21 membres, est constitué de quatre membres de droit, de dix membres nommés par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et de sept membres élus seulement, trois enseignants, deux IATOS et deux élèves.
Le conseil scientifique est présidé par le directeur de l'école et comprend de droit tous les enseignants ayant le titre de directeur d'études, ainsi que d'autres membres de droit, quinze membres nommés, un enseignant élu et un représentant des élèves.
L'unité régionale de formation à l'information scientifique et technique (URFIST) de Paris et le comité des travaux historiques et scientifiques sont rattachés à l'École des chartes.
L'ouverture à d'autres institutions est un des piliers de la politique de l'actuelle direction. Elle s'est notamment rapprochée de l'École pratique des hautes études, de l'Institut de recherche et d'histoire des textes et du Centre d'études supérieures de civilisation médiévale de l'université de Poitiers pour créer l'École de l'érudition en réseau. Elle participe aussi à l'Institut d'histoire du livre avec la ville de Lyon (bibliothèque municipale et Musée de l'imprimerie), l'École normale supérieure lettres sciences humaines (ENS-LSH) et l'Enssib.
L'école tente également de s'ouvrir à l'étranger. Des programmes de coopération ont été mis en œuvre avec des institutions comme les Archives d'État de Russie et plusieurs bibliothèques moscovites, l'université d'Alicante ou des centres de recherche italiens. Traditionnellement, des élèves étrangers (souvent Suisses, Belges, Africains) viennent se former à l'école. Aujourd'hui, elle tente d'attirer de nouveaux élèves, pour des séjours plus courts, grâce à des partenariats avec des universités. Les élèves sont également invités à effectuer des stages dans des services d'archives ou de bibliothèque de pays étrangers.
Les professeurs de l'École des chartes font partie du centre de recherche « Histoire, mémoire et patrimoine », dirigé par Olivier Guyotjeannin.
Quatre axes sont actuellement approfondis :
Une part de l'activité de recherche de l'École est assurée grâce aux thèses des élèves, dont les champs d'études se sont diversifiés depuis de nombreuses années et touchent à toutes les périodes de l'histoire, notamment contemporaine.