Le cycle de l'enseignement primaire dure six ans et accueille les enfants de 6 à 12 ans. Les élèves doivent réussir un Certificat d'études primaires pour pouvoir être admis dans le cycle collégial de l'enseignement secondaire.
Les taux bruts de scolarisation (TBS) du niveau primaire ont augmenté régulièrement au cours des années 2000. En 2007, le TBS total au niveau primaire s'établissait à 107,4 % — 112 % pour les garçons et 101 % pour les filles. Mais l'indice de parité entre les sexes pour les TBS était à 0,89, ce qui montre que le problème de l'inégalité entre les genres persiste au niveau du primaire. Le taux de redoublement au niveau primaire est de 11,8 %, soit 13,7 % pour les garçons et 9,7 % pour les filles. Les taux ont baissé au cours des dernières années pour les deux sexes. Le taux d'abandon scolaire au niveau primaire en 2006 était de 22 %. Le taux d'abandon des filles est en outre plus élevé que celui des garçons, à 22 % et 21 %, respectivement.Le taux d'abandon scolaire est en baisse depuis 2003, mais le gouvernement doit encore intensifier ses efforts pour réduire le taux d'abandon qui reste encore très élevé par comparaison avec d'autres pays arabes, comme l'Algérie, Oman, l'Égypte et la Tunisie.
Bien qu'il y ait un certain nombre d'établissements privés, la scolarisation dans les établissements privés d'enseignement supérieur reste faible, représentant moins de 3,5 % des effectifs totaux des universités. Les établissements privés souffrent également de la qualification moindre ou inadéquate du personnel. Ceci résulte principalement des frais dissuasifs de scolarité. Les programmes des écoles de commerce, en particulier, est dépassé et devrait être révisé en fonction de l'évolution des besoins du marché du travail. Les entreprises du secteur privé ne contribuent pas suffisamment à l'offre de connaissances pratiques actualisées du milieu des affaires dans le cadre des établissements d'enseignement professionnel.
L'efficience interne est également faible avec des taux élevés d'abandon et de redoublement. Il existe aussi une demande croissante non satisfaite d'écoles collégiales correspondant aux taux d'accès élevés à l'enseignement primaire.Le problème est plus aigu dans les écoles rurales en raison de l'inadéquation de l'offre et de la qualité du matériel didactique. La mauvaise qualité de l'éducation devient un problème encore plus aigu en raison des problèmes liés à la langue arabo-berbère. En effet, la plupart des enfants des familles berbères ne parlent quasiment pas l'arabe lorsqu'ils intègrent l'école primaire, or c'est la langue d'enseignement dans les écoles.
La faiblesse du niveau d'alphabétisation dans la région du Maghreb représente aussi un problème majeur. Au Maroc, le taux d'analphabétisme des adultes se maintient à un niveau élevé, à environ 40 % en 2007, malgré les efforts concertés déployés depuis l'indépendance en 1956 pour réduire le taux d'analphabétisme qui atteignait à cette époque 87 %. En valeur absolue, le nombre d'adultes analphabètes est passé de six à neuf millions de personnes. Le Maroc fait partie des cinq pays arabes où se concentrent 70 % des quelque 70 millions d'adultes analphabètes du monde arabe. Dans les zones rurales et pour le sexe féminin, le problème est encore plus préoccupant : en 2004 les trois quarts des femmes étaient analphabètes.
En outre, le taux d'émigration des travailleurs qualifiés a été élevé (c.à.d. que le chiffre total des expatriés hautement qualifiés par rapport au chiffre total des personnes diplômées autochtones est élevé). Le Maroc perd ainsi une quantité substantielle de main-d'œuvre qualifiée expatriée vers des pays étrangers, les marocains représentant la plus forte communauté d'Afrique du Nord ayant migré en Europe.