Le système d'enseignement supérieur comprend des établissements privés et publics. Il y a 14 universités publiques au Maroc, et un grand nombre d'universités privées. En 2007, 88 137 diplômes universitaires ont été décernés. Le taux brut de scolarisation au niveau universitaire est de 11 % et il n'a pas beaucoup varié au cours des dernières années.
L'admission aux universités publiques est subordonnée à l'obtention du baccalauréat, pour les écoles supérieures de technologie (EST), l'admission se fait à base d'une sélection suivie parfois d'un entretien ou d'un concours, alors que l'admission à d'autres établissements, tels que les écoles d'ingénieurs ou les écoles de commerce, se fait sur concours.
Outre les études d'ingénieurs, les autres domaines d'études en forte progression sont la médecine et la gestion des affaires. Selon le ministère de l'Éducation, les inscriptions en études de gestion ont augmenté de 3,1 % en 2003-2004 par rapport à 2002-2003. Un diplôme universitaire de premier cycle exige généralement quatre années d'études et il faut en moyenne deux ans pour obtenir une maîtrise.
Les universités marocaines ont également commencé à intégrer l'utilisation des technologies de l'information et de la communication. Un certain nombre d'universités ont commencé à offrir des cours de génie logiciel et d'ingénierie du matériel. Ce secteur universitaire produit 2 000 diplômés par an dans le domaine des technologies de l'information et de la communication. Les établissements d'enseignement marocains ont également établi des partenariats avec des établissements d'enseignement d'Europe et du Canada et offrent des programmes d'études communs dans divers domaines permettant d'obtenir un diplôme dans des universités réputées
Dans le cadre du renforcement de la responsabilisation publique, les universités marocaines sont soumises à une évaluation depuis 2000, avec l'intention de mettre ses résultats à la disposition de toutes les parties prenantes, y compris les parents et les étudiants.
Depuis la fin des années 80, les gouvernements des pays du Maghreb ont entrepris en partenariat avec les organisations de la société civile de lutter contre l'analphabétisme. Le Programme ONG lancé en 1988 offre des cours d'alphabétisation à 54% du total des apprenants inscrits à des programmes d'alphabétisation pour adultes. Le Programme général et les programmes ministériels s'appuient sur différents ministères et sur des communautés pour offrir des programmes d'alphabétisation. Les programmes en entreprises s'attachent à répondre aux besoins de la population active en appuyant la formation continue en entreprise.
Une rénovation complète du système d'éducation et de formation a été préparée de manière participative en 1998-1999. Elle a permis de dessiner une vision du développement à long terme de ce secteur répondant aux besoins de développement économique et social du pays.
L'amélioration de la qualité des résultats dans le secteur de l'éducation est devenue une priorité importante pour le gouvernement du Maroc. Pour surmonter les difficultés rencontrées par le secteur de l'éducation, le gouvernement a entrepris une réforme globale du système d'éducation et de formation avec la promulgation en 1999 de la Charte nationale d'éducation et de formation (CNEF). La CNEF, bénéficiant d'un fort consensus national, a déclaré que 2000-2009 serait la « décennie nationale de l'éducation et de la formation » et a érigé « le secteur de l'éducation et de la formation en première priorité nationale, après l'intégrité territoriale ». Le programme de réforme, défini par la CNEF, a également reçu un fort soutien de la part de la communauté des bailleurs de fonds. Néanmoins, le programme de réforme a pris du retard au cours de sa mise en œuvre.
Le Maroc et les autres pays du Maghreb sont désormais pleinement engagés dans l'éradication de l'analphabétisme. Le Maroc a officiellement adopté en 2004 une Stratégie nationale d'alphabétisation et d'éducation non formelle. Une vision intégrée de l'alphabétisation, du développement et de la réduction de la pauvreté a été promue par l'Initiative nationale pour le développement humain (INDH) lancée par le Roi Mohammed VI en mai 2005.
Le gouvernement marocain a aussi adopté en 2005 une stratégie ayant pour objectif de rendre les technologies de l'information et de la communication accessibles dans toutes les écoles publiques pour améliorer la qualité de l'enseignement. Les infrastructures, la formation des enseignants et le développement des contenus pédagogiques faisaient aussi partie de ce programme national.
Un certain nombre de bailleurs de fonds, dont l'Agence des États-Unis pour le développement international (USAID) et l'Unicef, mettent en œuvre des programmes d'amélioration de la qualité de l'éducation au niveau de base et de formation des enseignants. La Banque mondiale fournit également une assistance dans l'amélioration des infrastructures à tous les niveaux du système éducatif et offre des formations de développement des compétences et des stratégies intégrées de création d'emplois pour les diverses parties prenantes. À la demande des plus hautes autorités gouvernementales, un audacieux Programme d'urgence pour l'éducation (PU) a été établi afin de rattraper le retard de ce processus de réforme. Le PU, couvrant la période 2009-2012, s'appuie sur les leçons apprises au cours de la dernière décennie. Dans ce contexte, le Gouvernement a demandé à cinq bailleurs de fonds importants — Union européenne (UE), Banque européenne d'investissement (BEI), Agence française de développement (AFD), Banque africaine de développement (BAD) et la Banque mondiale — d'aider à la mise en œuvre du programme de réforme du PU.