Historiquement, et peut-être encore dans l'esprit général, les bactéries sont associées aux maladies. En effet, de nombreux parasites sont des bactéries (l'inverse n'est pas vrai). L'étude des bactéries a longtemps été dominée par la pathologie, et, dans une moindre mesure, les applications techniques (entre autres la fermentation, que ce soit pour la favoriser ou la combattre).
La classification traditionnelle distingue, sur la base du métabolisme, les bactéries photosynthétiques et les bactéries chimiotrophes.
La systématique moderne, basée sur les analyses génétiques, distingue de nombreux groupes. On notera, entre autres, les cyanobactéries, un groupe important de bactéries photosynthétiques.
On trouve des eubactéries dans presque tous les milieux où la vie se révèle possible. Leur répartition va de l'atmosphère aux limites inférieures des sols et des fonds océaniques en passant par tous les écosystèmes.
Selon les lignées, on en trouve des phototrophes (tirant leur énergie de la lumière), chimiotrophes (trouvant leur énergie de gradients chimiques non organiques), hétérotrophes (trouvant leur énergie dans la matière organique, qu'elle soit vivante (parasitisme) ou morte); on en trouve des aérobies ou des anaérobies, strictes ou non.