En 1998, les développeurs de Netscape ont libéré le code source de Navigator, en le renommant « Mozilla ». Mozilla a par la suite été réécrit entièrement et amélioré sous plusieurs angles. En 2002, Mozilla a atteint la version 1.0 et est devenu populaire dans la communauté du logiciel libre. Plusieurs produits dérivés ont été créés, parmi lesquels Firefox, le navigateur multi-plateforme allégé de Mozilla. Mozilla et les navigateurs issus de Mozilla ont créé une niche en expansion dans le marché des navigateurs.
Le navigateur du monde Unix Konqueror fait partie du projet KDE et est en concurrence avec Mozilla sur les systèmes Unix. KHTML, le moteur de Konqueror a également été utilisé par Apple pour son navigateur Safari, qui est maintenant le navigateur par défaut sur Macintosh. Prévu pour Konqueror, KHTML permet à toutes les autres applications KDE d'afficher une page HTML voire d'embarquer un mini navigateur en quelques lignes de code, et plusieurs applications qui ne sont pas des navigateurs à la base s'en servent. Le lecteur de musique Amarok affiche par exemple la biographie présente sur Wikipédia de l'artiste ou du compositeur du morceau écouté. Cette idée a été reprise par Apple, et exploitée par des navigateurs concurrents de Safari (OmniWeb) ou d'autres programmes Macintosh.
En 2003, Microsoft annonçait qu'Internet Explorer 6.0 SP1 serait la dernière version indépendante de son navigateur et que les améliorations futures dépendraient de la prochaine version de Windows, dont le nom est Microsoft Windows Vista. Windows Vista inclura de nouveaux outils comme Windows Presentation Foundation et le XAML (un langage XML propriétaire) qui permettra aux développeurs de créer des applications web extensibles, et que l'on peut approximativement comparer au concept multiplate-forme de Mozilla, le XUL (XML-based user interface language).
Opera dispose d'une petite part sur le marché des micro-ordinateurs, mais est un navigateur populaire sur les appareils mobiles, comme les smartphones, et les consoles de jeu Nintendo (comme la Wii ou la Nintendo DS ou encore la Nintendo DSi). Initialement payante sous la forme d'un partagiciel, puis financée par un bandeau publicitaire ou l'achat d'une licence, sa version PC est devenue totalement gratuite et sans publicités en septembre 2005.
En 2008, Google présente Google Chrome, qui selon AT Internet Institute (anciennement XiTiMonitor) atteindra une part de marché, en Europe, proche de 2 % le jour de sortie, puis descendra et se stabilisera les jours suivants autour de 1 %. Chrome possède désormais 4,63 % de parts de marché, se plaçant devant Safari (4,46 %), atteignant ainsi la troisième place, derrière Internet Explorer (62,69 %) et Mozilla Firefox (16,32 %).[réf. souhaitée]
La guerre des navigateurs a encouragé deux attitudes spécifiques parmi ses protagonistes.
Les standards du web ont par la suite été affaiblis à cause de la domination d'une seule société sur le marché des navigateurs. Plusieurs standards ne sont pas bien supportés par Internet Explorer, comme les évolutions des feuilles de style en cascade (CSS), le format d'image PNG, et le XHTML. Cela a pour effet une stagnation du développement du web et l'utilisation de techniques inutilement complexes (comme l'abus des tableaux pour la mise en page, alors qu'il est préférable d'utiliser les feuilles de style). Beaucoup de développeurs web écrivent également leurs pages pour fonctionner avec les idiosyncrasies d'Internet Explorer plutôt que de coller aux standards, et cela signifie que les pages ne peuvent être vues correctement qu'avec Internet Explorer.
En plus de cela, Internet Explorer a implémenté plusieurs extensions propriétaires, rendant beaucoup de pages incompatibles avec les autres navigateurs ou plates-formes (le VBScript et les ActiveX en sont des exemples, ainsi que les techniques DHTML spécifiques à Microsoft (qui sont clairement antérieures au standard DOM officiel, mais restent néanmoins utilisées). L'adoption quasi-universelle d'Internet Explorer a également été facteur du succès massif des vers informatiques, qui exploitent les failles logicielles pour se propager, car plus il y a de machines exposées, plus le ver aura de facilité à se propager. Un logiciel utilisé par beaucoup est plus fréquemment cible de pirates informatiques, qu'il s'agisse d'Internet Explorer ou, à moindre échelle, de Firefox.
Enfin, comme le nom Internet Explorer comporte le mot « Internet », beaucoup d'utilisateurs inexpérimentés peuvent être trompés et assimiler le navigateur à Internet lui-même, ce qui rend difficile l'idée de changement de navigateur. À ce titre, la version d'Internet Explorer incorporée à Windows 95 se lançait du « bureau » par une icône intitulée « Internet ». Or, Internet est un réseau de réseaux d'ordinateurs, alors que les navigateurs ne sont que des clients pouvant accéder à un aspect particulier d'Internet, le World Wide Web.