Le climat est très varié, du fait de l'étirement du Japon de nord en sud ; Sapporo, sur l'île du nord (Hokkaidō), a un été chaud et un hiver long, froid et très neigeux. Tōkyō, Nagoya, Kyōto, Ōsaka, et Kōbe, dans la partie est de la plus grande île (Honshū), ont un climat qualifié de subtropical humide, avec un hiver relativement doux avec peu ou pas de neige, et un été chaud et humide. Fukuoka, sur l'île de Kyūshū, a un hiver doux et un été long. Le climat de l'archipel Okinawa, le plus au sud, est le plus clément, les températures hivernales de 16 °C en moyenne ne descendent jamais en dessous de 10 °C.
Totale : 377 835 km²
Le Japon ne possède aucune frontière terrestre.
Les frontières maritimes s'étendent sur 29 751 km, avec la Russie, la Chine et la Corée.
Estimation de 1999 :
27 840 km² de terrains irrigués.
Les ressources naturelles sont faibles, à l'exception des produits de la pêche (poissons, crustacés, baleines), auxquelles s'ajoutent quelques industries minières et l'exploitation forestière. Il y a aussi beaucoup de grosses baleines et de tortues.