Le gobie jaune clown ne se retrouve pas sur la Liste rouge de l'UICN. L'espèce est très résistante, avec les populations locales en mesure de doubler en quinze mois.
Les juvéniles Gobiodon sp. débutent la vie de sexe femelle, et sont bi-directionnels hermaphrodite protogyne, ce qui signifie que lorsqu'ils sont jumelés, si nécessaire, un changement de sexe peut intervenir pour former une paire d'élevage. Dans le cas de deux femelles formant une paire, le plus grand des deux est de sexe masculin, et dans le cas de deux mâles, intervient un petit changement de sexe pour devenir une femelle. Le seul moment où un mâle est plus petit qu'une femelle est quand un petit mâle est placé dans le même corail, comme une grande femelle.
Près d'un millier d'œufs sont pondus autour des branches de corail. Le mâle va féconder immédiatement et les surveiller jusqu'à l'éclosion, environ cinq jours plus tard.
À environ 33 jours, les alevins se métamorphosent et commencent la nage libre. La coloration apparaît à environ 40 jours.