Herman Boerhaave est considéré comme le fondateur de la médecine clinique et de l'hôpital académique moderne. Il a décrit le premier le syndrome de Boerhaave. Sa renommée parmi ses contemporains est immense : lorsque Pierre le Grand vient dans les Pays-Bas en 1715, il assiste à ses cours. Après avoir préconisé à son début la méthode d'Hippocrate, il s'en écarta peu à peu et joignit à la philosophie toute vitaliste du médecin grec des explications chimiques et mécaniques qui furent contestées ; cependant, il a fait en chimie, une foule d'observations exactes et a réussi à décomposer le sang, le lait et tous les fluides animaux.
On a classé Boerhaave parmi les iatro-mécaniciens ; le fait est que si, par suite de connaissances spéciales, il a fait une large part aux mathématiques, que Giovanni Alfonso Borelli et Archibald Pitcairne avaient mises à la mode, il fut surtout en réalité un véritable éclectique.
Louis Émile Beaugrand décrit plus longuement sa classification des maladies dans le Dictionnaire encyclopédique des sciences médicales:
Il joue également un rôle considérable dans l'émergence de la botanique moderne, notamment en rapprochant cette discipline de la zoologie, premier pas vers la création d'une discipline commune : la biologie. « Le système de Boerhaave a régné plus longtemps dans la science que ceux de ses deux rivaux de gloire, F. Hoffmann et Stahl, et si le professeur de Leyde dut en partie cette supériorité à la séduisante harmonie de sa doctrine, à l'éloquence de ses leçons, il le dut aussi aux illustres disciples sortis de son école, aux Haller, aux De Haen, aux Van Swieten, qui remplirent le XVIIIe siècle de la gloire de son nom. » (Louis Émile Beaugrand). Il avait acquis une réputation universelle ; on raconte qu'un savant de la Chine lui ayant écrit « À M. Boerhaave, en Europe », la lettre lui parvint. Boerhaave fut aussi le créateur de la chaise rotative. Selon lui on pouvait guérir certaine maladie mentale en installant le patient sur une chaise et en le faisant tourner jusqu'à ce qu'il devienne inconscient.