Après la fin de son mandat au Syndicat national, Jean-Claude Barbarant rejoint à la rentrée 1994 le secrétariat national de la Fédération de l'éducation nationale (aujourd'hui UNSA éducation, alors dirigée par Guy Le Néouannic). Il y prend la responsabilité du secteur éducation et coordonne en particulier les initiatives (trente colloques en région) d'où sont issues les propositions de la fédération avant l'élection présidentielle de 1995 et publiées dans Éduquer pour vivre ensemble : le livre bleu de la FEN. En 1994, il intègre le groupe de la FEN au Conseil économique et social.
En 1997, quand Jean-Paul Roux, secrétaire général adjoint de la fédération en devient le premier responsable à la retraite de son prédécesseur, Jean-Claude Barbarant prend la responsabilité du secteur laïcité-liberté mais également des publications de la fédération. Lors du congrès de Pau de 2000, il préside la séance pendant laquelle est débattue le changement d'appellation de la fédération en UNSA éducation pour marquer l'intégration de la fédération (et de sa réflexion spécifique sur la société éducative) dans le champ interprofessionnel désormais couvert par l'UNSA. C'est le dernier congrès de Jean-Claude Barbarant comme responsable syndical en activité. Il prend alors sa retraite administrative, mais ne cesse pas d'avoir une activité syndicale réelle, même si elle n'est plus au premier plan.
Membre du bureau du centre Henri-Aigueperse de 1997 à 2002, il en assure même le secrétariat général 2001 à 2002. De 1999 à la fin de son mandat en 2004, il préside le groupe UNSA au Conseil économique et social. Il assume également de 2005 à 2007 la rédaction en chef de la revue de l'Union nationale des syndicats autonomes UNSA Magazine jusqu'à l'accident vasculaire cérébral qui l'oblige à interrompre toute activité en octobre 2007.
Jean-Claude Barbarant décède le 14 février 2010 au centre MGEN de long séjour de La Verrière (Yvelines).
Jean-Claude Barbarant a été membre du Conseil économique et social (CES) de 1994 à 2004 : le premier mandat (1994-1999) a été accompli dans le cadre de ses mandats à la FEN, le second (1999-2004) au titre de l'UNSA. Président du groupe de l'UNSA de 1999 à 2004 (pendant son deuxième mandat), il a également été membre du bureau du CES.
Outre son mandat au CES, Jean-Claude Barbarant, de mai 2000 à mai 2004, a représenté l'Union nationale des syndicats autonomes au Conseil d'orientation des retraites.
En novembre 1999, il est membre du comité directeur du mouvement Fraternité fondé par Jean-Michel Belorgey.