Le lynx boréal en France est un animal protégé et l'un des plus gros prédateur du pays. Pourtant discret et ne s'attaquant jamais à l'homme, il a été piégé depuis le XIVe siècle puis totalement éradiqué au XIXe siècle. Revenant naturellement ou ayant été réintroduit, le Lynx boréal commence à recoloniser la France, non sans provoquer des tensions entre les deux principaux opposants à son retour : les éleveurs de petit bétail et les chasseurs.
Le lynx était présent partout en Europe, sauf en Grande-Bretagne. La chasse du lynx commence au XVIe siècle en Europe et s’intensifie au XVIIIe. L’intensification de la chasse fut menée par la démocratisation des armes à feu, l’accroissement des populations réduisant l’espace disponible pour le lynx, et la favorisation de la chasse par l’obtention de primes de l’Etat pour supprimer la vermine.
En France, il disparaît des Vosges vers 1830, du Massif central vers 1875 et du Jura vers 1885. Il persiste dans les Alpes jusqu'en 1940. Sa présence passée et actuelle dans les Pyrénées, seul ou en compagnie du lynx d'Espagne, est discutée dans la mesure où on ne dispose guère que de témoignages, nombreux mais fragiles.
Le Lynx commun a été totalement éradiqué de France au XIXe siècle. Le lynx a disparu de l’ouest de l’Europe et des Alpes avant l’ours et le loup, bien qu’il ait été persécuté moins intensivement. L’explication réside dans une plus grande sensibilité du lynx face à la destruction de son habitat et à la diminution des effectifs de ses proies naturelles.
En France, il est réintroduit dans les Vosges et le Jura. Mais nombre d'entre eux proviennent sans doute d'Allemagne et de Suisse. Il y aurait environ une centaine d'animaux dans ces régions. Il réapparaît aussi dans les Alpes de manière passive (arrivée d'individus de Suisse) et dans les Ardennes. Le lynx doit faire face à l'hostilité des chasseurs, qui peuvent le voir comme un concurrent, certains chasseurs n'hésitent d'ailleurs pas à tirer des lynx ou encore à les empoisonner. En 2006, il y aurait moins de deux cents animaux sur les trois massifs.
En France, il est revenu naturellement dans les Alpes (pour l'instant surtout le Nord des Alpes françaises) et le Jura (suite à des opérations de réintroduction effectuées en Suisse) et a été réintroduit dans les Vosges. À la fin de 2004, la population française était estimée entre 135 et 180 animaux, la tendance étant à l'augmentation à la fois numérique et en termes de territoires occupés :
Dans le Jura, le lynx a reconstitué un noyau de population qui semble pérenne, et il est devenu avec le tétras un des indicateurs de qualité des forêts et parfois le symbole d'une volonté de réparer les dégâts environnementaux.
Dans les Vosges, les derniers lynx auraient été tués au début du XVIIe siècle, ou ont été victimes de la déforestation, de la raréfaction de leur nourriture (les grands mammifères ont fortement régressé après la révolution française) pour ne retrouver des populations importantes qu'à la fin du XXe siècle. Le projet vosgien de réintroduction a été initié en 1983, avec la création d'un noyau de population complémentaire de celle qui s'était déjà reconstitué dans le proche Jura. De 1983 à 1993 ce sont 12 mâles et 9 femelles qui ont été relâchés. En 2006, on estime qu'il y aurait 30 à 40 individus dans la région, sur environ 2 000 km2 (densité : 1,5 à 2 lynx/100 km2). La population vosgienne se reconstitue très lentement. Elle semble plus fragile et vulnérable que la population jurassienne, notamment en raison d'un braconnage persistant, des risques liés à la chasse ou à la circulation automobile.
En Moselle, des scientifiques et des naturalistes ont confirmé en 2000 les descriptions faites par des promeneurs depuis les années 1980, établissant la présence de lynx dans l’ouest et le nord-ouest de l’agglomération messine. La réappropriation de ce vaste territoire propice à leur développement (forêts broussailleuses, terrains militaires interdits à la chasse et vallées étroites) riche en gibier (daims et chevreuils) peut être la conséquence directe de la réintroduction menée dans les Vosges en 1983, l'action individuelle d'un naturaliste connaisseur étant aussi tout à fait plausible. D'après les observations, ces félidés, estimés à une cinquantaine d'individus, seraient dans une phase de migration vers l’ouest.