L'assèchement du marais étant artificiel, son maintien en état demande un entretien permanent : les fossés doivent être curés pour ne pas s'envaser, les berges doivent être consolidées pour ne pas s'effondrer. On trouve donc différents arbres plantés spécialement dans ce but :
- Les peupliers sont très présents dans les marais mouillés, dont ils structurent les paysages. Le blanc du Poitou (nom local ou espèce endémique ?), donnant un bois très recherché, est de moins en moins exploité aujourd'hui, d'autres espèces arrivant à maturité plus rapidement.
- Les frênes sont taillés en têtards, c'est-à-dire qu'en l'émondant régulièrement, on ne laisse pas le tronc pousser au-dessus d'un mètre cinquante ou deux mètres. L'arbre est donc trapu, et développe un réseau de racines important qui maintient les berges. La taille des "têtards" permet de connaître l'utilisation originelle de chaque parcelle : une parcelle bordée d'arbres taillés à moins d'un mètre cinquante était vraisemblablement vouée au maraîchage, tandis que des arbres plus hauts indiquent une prairie d'élevage. On trouve également des saules (dont quelques arbres de la variété des pleureurs) en bordure des cours d'eau, et de l'osier, traditionnellement cultivé par les maraîchins.
Le marais abritait autrefois de nombreuses anguilles, faisant l'objet d'une pêche traditionnelle au moyen d'engins spécifiques : nasses, bourgnes, etc. L'espèce est aujourd'hui très menacée du fait de la surpêche des civelles (ou pibales, noms donnés aux alevins d'anguilles) dans les estuaires, à leur arrivée de leur lieu de naissance (la Mer des Sargasses). En effet ces petits poissons sont très recherchés et les cours de vente atteignent des sommes énormes, ce qui encourage le braconnage.
Les ragondins, une espèce introduite, sans prédateur et très prolifique, sont un problème majeur en raison des ravages qu'ils causent aux berges. Ces animaux peuvent être des vecteurs de la leptospirose, facteur d'avortement chez les bovins. Ils ont fait l'objet de campagnes d'empoisonnement catastrophiques pour toute la chaîne alimentaire. Cette pratique est désormais interdite et depuis peu remplacée par le piégeage, méthode plus sélective.
On trouve aussi des loutres, des hérons, pluviers ou autres échassiers.
D'autres espèces exotiques ayant un caractère envahissant posent des problèmes : des jussies (Ludwigia sp.), le myriophylle du Brésil (Myriophyllum aquaticum), l'écrevisse Américaine (Orconectes limosus) et l'écrevisse de Louisiane (Procambarus clarkii)
Les canaux ont différents noms, selon leur importance (croissante) : le fossé, la conche (4 à 8 m de large), le bief, la route d'eau, la broue, la gonnelle, la rigole (12 à 14 m de large), le canal, le contre-bot (…). La rigole est une voie plus grande que la conche elle même plus grande que le fossé.
Le terme « marais desséché » ne signifie pas qu'il n'y a plus d'eau mais qu’il n'est théoriquement plus inondable, au contraire du « marais mouillé » qui l'est.
Il ne peut y avoir de marais desséché sans marais mouillé. En effet, ce dernier agit comme une éponge qui permet de réguler l'apport d'eau en provenance du bassin versant. Les eaux d'inondations s'y épandent, ce qui protège le marais desséché des crues. Autrefois composé de vastes espaces de prairies, le marais desséché a été gagné au cours du XXe siècle par les cultures intensives (céréales, maïs, tournesol...).
Le marais desséché est en fait un polder. Il est cerné de digues qui le protègent à la fois de la mer et de l'eau du bassin versant. L'eau est évacuée au moyen de portes à flot (ou portes à la mer) qui laissent partir l'eau à marée basse. À marée haute, la pression de la mer ferme les portes et empêche l'eau salée de refluer dans les cultures. Durant la saison sèche, les portes à flot sont fermées, afin de garder l'eau nécessaire à l'irrigation naturelle par le sol.
Le marais mouillé étant tributaire des inondations, c'est ce qui explique que s'y soient développées des cultures de cycle court, comme celle des mojhettes (haricots blancs) dont le cycle est de trois mois, ce qui correspond à la période hors risque d'inondation. L'élevage a longtemps été l'activité principale des marais mouillés, où se sont développées des coopératives laitières. La déprise agricole se traduit actuellement par un entretien insuffisant des canaux qui bordent les terrains. En certains lieux, les propriétaires ont tendance à réunir leurs parcelles contiguës pour n'en former qu'une seule. La conséquence conjuguée d'un tel remembrement et d'un manque d'entretien aboutit à une moindre efficacité du marais mouillé qui assure de moins en moins bien ses rôles d'éponge, de régulateur et de filtre épurant les eaux.
Depuis les années 1980, le contexte d'intensification des productions s'est traduit dans l'ensemble marais par des tentatives d'introduction du maïs, mais les contraintes liées au régime des eaux (inondations de printemps et/ou d'automne) ont fait que cette culture n'y a pas produit les résultats escomptés. Elle s'est par contre beaucoup développé sur les coteaux calcaires avoisinant le marais, avec en corollaire la mise en place de pratiques d'irrigation. Il peut même arriver, à certaines époques et dans certains endroits du marais, de voir l'eau remonter vers l'amont, car c'est la rivière qui se jette dans la nappe phréatique...
Depuis l'origine, un conflit existe entre les agriculteurs des marais mouillé et desséché. Ceux du marais desséché ont hérité de prérogatives sur la gestion des vannes. En période de sécheresse, ils irriguent leurs terres avec l'eau stockée par les marais mouillés, mettant en péril les cultures et l’élevage dans ces marais. Ce phénomène, bien qu'ancien, est encore accentué de nos jours par la culture intensive du maïs, qui est une culture d’été dans la région. La culture du maïs au cœur même du marais a incité les gestionnaires à évacuer le plus possible d'eau pendant la saison humide pour éviter les inondations qui auraient compromis les semailles, privant ainsi le marais de son rôle d'éponge (il stocke l'eau pour la restituer à la saison sèche). Un autre phénomène découle directement des effets conjugués des sécheresses et de la gestion de l'eau : le manque d'eau réduit fortement les débits des fleuves du Marais Poitevin (la Sèvre Niortaise et le Lay), ce qui a pour conséquence l'accélération dramatique d'un phénomène naturel, l'envasement. L'envasement a augmenté aussi par suite de l'abandon du curage. Cela compromet fortement tout un pan de l'économie littorale du Marais Poitevin, la conchyliculture, et de nombreux conflits d'intérêts naissent entre les exploitants agricoles et les ostréiculteurs et mytiliculteurs de la Baie de l'Aiguillon. La relance de programmes d'entretien du marais est en cours.
Le Marais Poitevin est un milieu fragile, artificiel, en grande partie dessiné par l'homme, mais soumis à la loi de l'hydraulique.
Alimenté en eau douce par les fleuves et ruisseaux côtiers des bassins versants de la Sèvre Niortaise, de la Vendée et du Lay, ce milieu est perpétuellement en équilibre instable. Le marais n'est pas un espace linéaire, il n'est même pas une juxtaposition de cours d'eau, il est un organisme complexe, tridimensionnel, dont les canaux sont comme les vaisseaux sanguins du corps humain. Modifiez la pression artérielle, c'est votre organisme qui s'effondre, supprimez les digues de protection à la mer, vous obtiendrez un effet de marnage qui inondera tout à marée haute et asséchera les canaux à marée basse.
Le maintien du milieu est le résultat d'un subtil équilibre de gestion de l'eau douce: il faut évacuer le trop plein en temps de crue (ce qui n'est possible qu'à marée basse) et garder de l'eau en période d'étiage. Selon les années, en cas d'étiage sévère, il peut arriver que les ouvrages qui gèrent l'estuaire demeurent fermés plusieurs mois d'affilée. Ce fut le cas notamment en 1989.