L'espèce est protégée par la convention de Berne et par la directive européenne Habitats. Les commissions Ospar et Helcom engagent leurs états signataires à limiter la pollution des océans qui affectent fortement ces espèces qui de par leur position en tête de pyramide alimentaire bioaccumulent de nombreux toxiques.
Les marsouins n'ont jamais été chassés activement par des baleiniers parce que trop petits pour être d'intérêt, mais ils sont fréquemment accidentellement capturés dans les filets où ils se noient ou se blessent. La population mondiale globale compte probablement encore plusieurs centaines de milliers d'individus et l'espèce n'est pas globalement menacée par la pêche.
Cependant là où la pression de pêche ou pression anthropique est élevée, certaines populations sont menacées par le recul de leurs proies, et par le nombre trop élevé de prises accidentelles dans les chaluts et surtout dans les filets dérivants. Ceci notamment en mer Baltique et en mer Noire où les marsouins sont en nette diminution même si d'autres facteurs interviennent aussi peut-être (Pollution marine, toxiques libérés par les munitions immergées). Les marsouins se laissent piéger dans les filets, bien qu'ils en détectent la présence par écholocation.
Protection des populations européennes de marsouins et dauphins : Les premières mesures prises par les États membres en 1992 n'ayant pas permis de protéger efficacement ou suffisamment les cétacés, la Commission européenne a décidé d’imposer dans l'ensemble des eaux communautaires l’équipement des filets en dispositifs acoustiques (émetteurs d’ultrasons) éloignant les cétacés, y compris pour les navires de petite taille.
Les captures accidentelles de dauphins et marsouins sont devenues une menace pour les populations européennes de ces espèces (protégées).
Les états baltes et riverains de la mer du Nord ont signé en 1991 une convention baptisée Ascobans (Agreement on the Conservation of Small Cetaceans of the Baltic and North Seas) dont une résolution (votée à Bristol en juillet 2000) les engage à limiter les prises accidentelles à 1,7% des populations estimées. (L'IWC a estimé que les prises limites annuelles acceptables étaient de 1 % de la population, et ASCOBANS puis le groupe de travail SGFEN (2002) ont retenu le taux de 1.7 % de la meilleure estimation de population.
Un des « répulseurs » testés dit pinger (« répulsif acoustique » ou « balise acoustique » en Français) est un puissant émetteur de sons, protégé, avec sa batterie dans un emballage oblong couvert de téflon d'une quinzaine de centimètres. Il émet un « bip » de 300 millisecondes à une fréquence de 10 kHz (il ne s'agit donc pas véritablement d'ultrasons), toutes les 4 secondes pour une puissance sonore de 130 décibels, bruit insupportable pour les marsouins et la plupart des autres cétacés ; équivalent à la source, au bruit du décollage d'un avion à réaction). Il en existe plusieurs modèles, plus ou moins puissants, autonomes et robustes (selon le prix). Le premier a d'abord été testé en mer Baltique (où il s'est montré très efficace et a été rendu obligatoire pour les pêcheurs danois). Le CNRS de Marseille l'a testé sur les filets de pêche au thon (tonailles) en Méditerranée où il s'est montré efficace, avant qu'il ne soit aussi testé en mer d'Iroise.
Les filets dérivants ont également été limités à 2,5 km et devaient être progressivement supprimés avant janvier 2007.
La commission demande aussi qu’il y ait un vrai suivi des prises accessoires de cétacés.