Les articles portant sur les effets sur la santé des muscs synthétiques rapportent qu’une exposition à long terme (2 ans) au musc xylène chez le rat serait à l’origine d’une croissance accrue d’adénome hépatocellulaire et de carcinome. Une étude menée en 2004 par la HERA (Human and Environmental Risk Assesment on ingredients of household cleaning products) conclue que l’utilisation du AHTN et de HHBC ne présente pas de risque significatif sur la santé humaine, étant donnée une marge de sécurité d’un facteur d’environ 75000 entre la dose utilisée dans les produits nettoyants domestiques et la dose critique de toxicité. Une étude similaire sur le Habanolide menée par le gouvernement Australien en 1998 stipule que « étant donné que les parfums incorporant l’Habanolide sont à des concentrations inférieures à 1%, combiné à la nature non-toxique du composé chimique minimise la possibilité potentiel d’effets sur la santé.».
Diverses études ont été menées sur les muscs synthétiques afin de déterminer l’impact environnemental de l’utilisation intensive de ces substances. Dans la majorité des cas, la LC50 déterminée est de loin supérieure (100 fois et plus) à la concentration retrouvée dans l’environnement. Ce sont plutôt les effets collatéraux qui seraient plus alarmant pour l’environnement. Ainsi, chez certaines espèces de poissons, les muscs synthétiques auraient pour effets d’inhiber le 17β-estradiol sur les récepteurs d’estrogènes, empêchant ainsi le développement normal des larves. D’autres effets ont également été observés, tel qu’une diminution de la croissance ainsi qu’une augmentation d’absorption vis-à-vis d’autre composés toxiques, dût par la perte de défenses multixénobiotique.